Cụ thể, dự án BOT Quốc lộ 2 đoạn Nội Bài - Vĩnh Yên được thực hiện theo hợp đồng điều chỉnh số 8219/GTVT-KHĐT ngày 20/12/2007 ký giữa Bộ Giao thông Vận tải và Công ty cổ phần BOT Quốc lộ 2, dự án có thời gian thu phí hoàn vốn 13 năm 7 tháng và thời gian thu phí tạo lợi nhuận là 3 năm 6 tháng, dự kiến kết thúc vào tháng 1/2025 với giá trị quyết toán phần vốn BOT là 491,2 tỷ đồng, trong đó vốn chủ sở hữu là 156 tỷ đồng.
Dự án, có tổng mức đầu tư Bộ Giao thông Vận tải phê duyệt điều chỉnh là 772,7 tỷ đồng, trong đó vốn BOT là 496,7 tỷ đồng; vốn ngân sách Nhà nước tham vào dự án là 276 tỷ đồng, thời gian bắt đầu thu phí là 15/8/2008.
Theo báo cáo của Tổng cục Đường bộ Việt Nam (ĐBVN) gửi tới Bộ Giao thông Vận tải, số thu tại dự án BOT cải tạo, nâng cấp Quốc lộ 2 đoạn Nội Bài -Vĩnh Yên đã rà soát đến 31/8/2020 là 1.332 tỷ đồng và số chi đến 31/8/2020 dự kiến 1.025,036 tỷ đồng.
Dự án này, có số thu thực tế cao hơn so với số thu theo hợp đồng đã ký nên thời gian thu phí hoàn vốn của dự án rút ngắn so với dự kiến trong hợp đồng. Do đó, việc rút ngắn thời gian thu phí tạo lợi nhuận là phù hợp.
Tổng cục ĐBVN tính toán thời gian thu phí tạo lợi nhuận theo phương pháp lợi nhuận kỳ vọng của nhà đầu tư quy đổi về thời gian thu phí hoàn vốn, thì thời gian thu tạo lợi nhuận còn 3 năm 3 tháng 4 ngày, giảm 2 tháng 26 ngày.
Theo đó, phương án tài chính sau khi loại bỏ chi phí bảo toàn vốn trên phần vốn chủ sở hữu trong thời gian khai thác và lợi nhuận vốn chủ sở hữu trong thời gian thi công và tính lại thời gian thu phí tạo lợi nhuận của nhà đầu tư như trên, dự kiến dự án kết thúc việc thu phí vào cuối ngày 13/10/2020.
Trước đó, ngày 11/3/2019, Bộ Giao thông vận tải đã có Văn bản số 2194/BGTVT-KCHT gửi Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Vĩnh Phúc về việc trả lời kiến nghị của cử tri tỉnh Vĩnh Phúc gửi đến sau Kỳ họp thứ 6, Quốc hội khóa XIV về việc: "Đường BOT QL2, đoạn Nội Bài - Vĩnh Yên đã xuống cấp nghiêm trọng mà vẫn thu phí, đề nghị Bộ GTVT chỉ đạo nâng cấp để đảm bảo chất lượng đường, tương xứng với tiền phí mà người tham gia giao thông phải nộp".
Sau đó, Bộ Giao thông vận tải trả lời: Căn cứ đề nghị của Sở GTVT tỉnh Vĩnh Phúc tại Văn bản số 1622/SGTVT-KCHT ngày 16/8/2018, Tổng cục ĐBVN đã có Văn bản số 5814/TCĐBVN-QLBTĐB ngày 07/9/2018 thỏa thuận kinh phí sửa chữa đột xuất Dự án cải tạo nâng cấp QL2, đoạn Nội Bài - Vĩnh Yên đầu tư theo hình thức BOT. Hiện tại, Công ty CP BOT QL2 đã tiến hành xong công tác đấu thầu và đang chuẩn bị thi công sửa chữa.
Ngày 22/02/2019, Tổng cục ĐBVN đã có Văn bản số 1033/TCĐBVN- QLBTĐB yêu cầu Công ty CP BOT QL2 khẩn trương tiến hành sửa chữa mặt đường và hệ thống ATGT, đoạn từ ngã tư Võ Văn Kiệt đến trạm thu phí QL2, thuộc địa bàn thành phố Hà Nội.
Đồng thời, Tổng cục ĐBVN đã giao Cục QLĐB I kiểm tra thực tế hiện trường, giám sát quá trình thực hiện của Công ty CP BOT QL2. Sau khi hoàn thành công tác sửa chữa, về cơ bản sẽ khắc phục các hư hỏng công trình, đảm bảo điều kiện khai thác bình thường và tạo điều kiện thuận lợi cho người tham gia giao thông trên QL2.