Theo Ban Quản lý Vịnh Hạ Long, vào năm 2015, khảo sát cho thấy không còn rạn nào thuộc loại tốt, độ phủ của các rạn tốt nhất là dưới 50% và độ phủ bình quân trên toàn vịnh chỉ còn khoảng 20%.
Sự suy giảm của san hô trên Vịnh Hạ Long do con người tác động là chủ yếu. Hệ sinh thái san hô rất nhạy cảm với chất lượng môi trường nước nhưng khi đó, Vịnh Hạ Long là một khu vực chịu nhiều sự tác động từ phía con người như vận tải thuỷ, lấn biển, du lịch, khai thác khoáng sản, rác thải,…
Tất cả đều ảnh hưởng đến chất lượng môi trường nước của vịnh, độ đục tăng cao được coi là nguyên nhân chính.
Tuy nhiên, với nỗ lực không ngừng nghỉ của những người làm công tác bảo tồn biển và Di sản Thiên nhiên Thế giới, từ trạng thái bị suy thoái, rạn san hô trên Vịnh Hạ Long hiện đang có dấu hiệu khôi phục tốt, có nhiều rạn đã đạt độ che phủ tới 60% - 70%.
Đặc biệt, có nhiều san hô cành phát triển khi đây vốn là nhóm rất nhạy cảm với môi trường và có nguy cơ bị xâm phạm cao…
Làm hồi sinh và bảo tồn những rạn san hô không chỉ đòi hỏi nỗ lực từ những người làm công tác quản lý, bảo tồn, mà còn từ phía những người tham gia hoạt động kinh tế biển, và không thể không nhắc tới vai trò của du khách.