Công ty VN Pharma được thành lập ngày 25/10/2011, theo giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh do Sở Kế hoạch và Đầu tư TP.HCM cấp. Công ty này có trụ sở tại phường 14, quận 10 TP.HCM, người đại diện theo pháp luật là Nguyễn Minh Hùng – Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng giám đốc.
Công ty kinh doanh chính là buôn bán dụng cụ y tế, bán buôn thuốc…; có vốn điều lệ 10 tỷ đồng. Quá trình hoạt động, Công ty VN Pharma đã 19 lần thay đổi nội dung giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp.
Trở lại vụ án buôn bán thuốc giả, tài liệu truy tố thể hiện, khoảng cuối tháng 10/2012, Võ Mạnh Cường – Giám đốc Công ty TNHH Thương mại hàng hải Quốc tế H&C (cháu họ Nguyễn Lê Xuân Khang – một Việt kiều ở Canada, hiện đang bỏ trốn) cùng Hùng, Nguyễn Trí Nhật – Phó Tổng giám đốc, kiêm Trưởng phòng Xuất nhập khẩu Công ty VN Pharma đến gặp Raymundo Y.Mararac (gọi tắt là Raymundo) tại TP.HCM.
Buổi gặp gỡ trao đổi về việc Khang vi phạm hợp đồng cung cấp thuốc độc quyền nhãn mác Health 2000 Canada cho Công ty VN Pharma, xác định dừng việc hợp tác với Khang, Hùng đồng ý chuyển sang mua thuốc Helix Canada của Raymundo.
Các bên sau đó thống nhất, Raymundo sẽ cung cấp FSC và GMP của Helix Canada để Công ty VN Pharma làm thủ tục xin cấp visa (giấy phép lưu hành sản phẩm) nhập khẩu đối với các thuốc mà thị trường Việt Nam đang có nhu cầu sử dụng.
Trong thời gian chờ cấp visa thì phía Helix Canada sẽ sản xuất các thuốc có cùng hoạt chất, công dụng và đặt tên thương mại giống như các thuốc do Health 2000 Canada đã bán cho VN Pharma trước đó.
Raymundo giới thiệu Võ Mạnh Cường sẽ đại diện cho Helix Canada, thay mặt người này giải quyết việc bán hàng, phát triển tại thị trường Việt Nam và giao cho Cường 1 con dấu tròn bằng gỗ, có nội dung "HELIX PHARMA CEUTICALS INC HPI-ONTARIO CANADA" để Cường quản lý, sử dụng tại Việt Nam.
Sau thỏa thuận, Hùng trực tiếp liên hệ với Cường, đặt mua 4 loại thuốc do Helix Canada sản xuất có cùng hoạt chất, công dụng và tên thương mại giống như các thuốc Health 2000 Canada đã được Cục Quản lý Dược cấp visa. Gồm: Kafotax-1000, Kaderox-250, H2K Levofloxacin, H2K Ciprofloxacin.
Tại thời điểm đó, Helix Canada chưa được cấp giấy phép hoạt động của doanh nghiệp nước ngoài về thuốc và nguyên liệu làm thuốc tại Việt Nam nên không thể nhập thuốc vào Việt Nam, vậy nên Cường và Hùng đã thống nhất lập các hợp đồng nội bộ giữa Công ty VN Pharma với Helix Canada dùng để đặt hàng, theo dõi việc thanh toán và ràng buộc tiến độ giao hàng giữa 2 bên.
Để nhập khẩu 4 loại thuốc trên vào Việt Nam, từ ngày 4/11/2012 đến ngày 19/6/2014, thực hiện chỉ đạo của Nguyễn Minh Hùng, Nguyễn Trí Nhật, Phan Cẩm Loan – Phó Trưởng phòng Xuất nhập khẩu Công ty VN Pharma cùng với Nguyễn Thị Quyết – nhân viên Phòng Xuất nhập khẩu Công ty VN Pharma làm giả 15 hợp đồng mua bán và 26 phụ lục hợp đồng kèm theo giữa Công ty VN Pharma với Công ty Austin Pharma Specialities Co., có địa chỉ tại Hong Kong, do ông Luk Heung Tung làm giám đốc (đã được Bộ Y tế Việt Nam cấp giấy phép hoạt động của doanh nghiệp nước ngoài về thuốc và nguyên liệu làm thuốc tại Việt Nam từ năm 2002).
Tổng số lượng của 15 hợp đồng giả trên là 838.100 hộp, trị giá quy đổi hơn 54 tỷ đồng.
Quá trình soạn thảo hợp đồng, Loan liên hệ với Lê Thị Vũ Phương – Kế toán trưởng Công ty VN Pharma lấy số tài khoản của bên thụ hưởng để Loan và Quyết đưa vào hợp đồng và phụ lục hợp đồng, trong đó có tài khoản của 6 công ty dịch vụ chuyển tiền thuê ở nước ngoài nhằm mục đích chuyển tiền nâng khống giá thuốc.
Cơ quan truy tố cáo buộc, thực tế giữa Công ty VN Pharma với Công ty Austin Hong Kong không có việc mua bán các thuốc nhãn mác Health 2000 Canada. Công ty VN Pharma lập các hợp đồng mua bán giả trên nhằm mục đích sử dụng pháp nhân của Công ty Austin Hong Kong hợp thức thủ tục nhập khẩu, thông quan, thanh toán tiền mua thuốc.
Kết quả tương trợ tư pháp từ Canada và báo cáo hoạt động của Công ty Austin Hong Kong gửi Cục Quản lý dược đề nghị xin gia hạn giấy phép hoạt động của doanh nghiệp nước ngoài đã xác định, 2 công ty trên không có văn phòng đại diện tại Việt Nam, không phát sinh quan hệ mua bán thuốc theo các hợp đồng trên với Công ty VN Pharma.
Sau khi soạn thảo xong các hợp đồng, phụ lục hợp đồng mua bán các thuốc nhãn mác Health 2000 Canada giả giữa Công ty VN Pharma với Công ty Austin Hong Kong, Loan và Quyết đã in các hợp đồng trên các tờ giấy A4 trắng đã có sẵn hình dấu có nội dung "Austin Pharma Specialties Co." của Công ty Austin Hong Kong và dấu chữ ký mang tên Luk Heung Tung do Phạm Anh Kiệt – Tổng Giám đốc Công ty TNHH MTV Dược Sài Gòn cung cấp.
Khi các tờ giấy A4 trắng được đóng dấu khống của công ty bên Hong Kong được sử dụng hết, Quyết đề xuất và được sự đồng ý của Nhật, Loan nên Quyết đã scan, in màu hình dấu có nội dung "Austin Pharma Specialties Co." và dấu chữ ký tên Luk Heung Tung dán vào mục "For seller" hoặc "For the seller" (bên bán) trên các hợp đồng và phụ lục hợp đồng.
Các hợp đồng, phục lục hợp đồng được chuyển cho Nguyễn Minh Hùng ký 2 hợp đồng để nhập tổng cộng 48.500 hộp thuốc (5.000 hộp H2K Levofloxacin và 43.500 hộp H2K Ciprofloxacin, tổng trị giá hơn 3,4 tỷ đồng), Nguyễn Trí Nhật ký 13 hợp đồng để nhập tổng cộng 789.600 hộp thuốc (110 nghìn hộp Kafotax-1000, 22 nghìn hộp Kaderox-250, 332.600 hộp H2K Levofloxacin và 325 nghìn hộp H2K Ciprofloxacin, tổng trị giá hơn 50,5 tỷ đồng).
Cơ quan truy tố cho biết, từ năm 2012 đến tháng 8/2013, con dấu mang tên Công ty Austin Hong Kong và dấu chữ ký Luk Heung Tung không đăng ký lưu hành tại Việt Nam nhưng đã được Kiệt sử dụng, đóng khống trên nhiều tờ giấy A4 trắng tại vị trí theo yêu cầu của Hùng.
Cuối năm 2013, Kiệt chuyển con dấu này cho Hùng để Hùng tiếp tục sử dụng phục vụ hoạt động kinh doanh của Công ty VN Pharma. Quá trình điều tra, Cơ quan điều tra không thu giữ được 2 con dấu này.