Theo tìm hiểu, UBND tỉnh đã giao cho Ban Quản lý khu kinh tế tỉnh quản lý các KCN gồm: KCN Hòa Bình; KCN Sao Mai và KCN tại khu II, Khu kinh tế Cửa khẩu Quốc tế Bờ Y.
Đoàn thanh tra đã tiến hành thanh tra 32 doanh nghiệp trên địa bàn tỉnh, bao gồm 29 doanh nghiệp thuê lại đất của Công ty Đầu tư phát triển hạ tầng khu kinh tế tỉnh và 3 doanh nghiệp được UBND tỉnh cho thuê đất.
Qua thanh tra đã phát hiện có 8 doanh nghiệp sử dụng đất tại KCN Hòa Bình chưa đảm bảo tiến độ thực hiện dự án đầu tư.
Bên cạnh đó, Công ty TNHH Công nghệ hữu cơ sinh học An Thái (sử dụng đất thuê tại KCN Hòa Bình) đã xây dựng hàng rào, trồng cây lâu năm và cổng bảo vệ công ty nằm ngoài ranh giới đất được thuê. Công ty TNHH Thiện Chí Kon Tum xây dựng công trình cổng tường rào trên diện tích đất là đường giao thông nằm giữa hai lô đất được thuê.
Tại KCN Sao Mai, thanh tra tỉnh chỉ ra có 2 doanh nghiệp thuê đất được Ban Quản lý Khu kinh tế tỉnh cấp giấy chứng nhận đầu tư thực hiện dự án trên diện tích đất thuê là Công ty TNHH Chế biến nông sản Sao Mai và Công ty TNHH MTV Phương Phong Linh). Tại thời điểm thanh tra, 2 doanh nghiệp này chỉ sử dụng phần diện tích đất thuê để xây dựng các nhà khung thép trên mái có hệ thống điện mặt trời, không có máy móc thiết bị sản xuất như dự án đầu tư được duyệt, không có công nhân làm việc và không nộp số liệu ngân sách.
Thanh tra cũng phát hiện có 6 doanh nghiệp tại Khu II, Khu kinh tế cửa khẩu quốc tế Bờ Y gần như không có công nhân, không hoạt động sản xuất kinh doanh, đóng cửa. Công ty TNHH MTV Tuấn Sỹ và Công ty TNHH MTV Tiến Anh Đạt thời điểm thanh tra không sử dụng đất, không tổ chức sản xuất kinh doanh trên phần diện tích đất được thuê, cần phải xem xét thu hồi đất theo quy định.
Cũng qua thanh tra phát hiện Công ty Đầu tư Phát triển hạ tầng KCN (nay là Công ty Đầu tư phát triển hạ tầng Khu kinh tế) cho các doanh nghiệp thuê đất gắn với hạ tầng trong KCN Hòa Bình theo đơn giá từ 3.520 USD/ha/năm đến 3.770 USD/ha/năm và ổn định đơn giá thuê đất nêu trên cho toàn bộ thời gian thuê đất của dự án để sản xuất kinh doanh là chưa đúng quy định pháp luật.
Từ đó, Chủ tịch UBND tỉnh Kon Tum yêu cầu chấm dứt việc cho Công ty Đầu tư phát triển hạ tầng Khu kinh tế thuê đất đã được nhà nước đầu tư xây dựng hạ tầng để cho doanh nghiệp thuê lại đất tại KCN Hòa Bình.
Đối với các Doanh nghiệp đang đầu tư sản xuất kinh doanh bình thường tại KCN và được Sở Tài nguyên và Môi trường cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, Chủ tịch tỉnh yêu cầu lập hồ sơ để tiếp tục được thuê đất theo thời hạn dự án đầu tư theo quy định. Đối với các DN không đưa đất vào sử dụng thì xem xét chấm dứt hoạt động dự án đầu tư, thu hồi giấy chứng nhận quyền sử dụng đất.
Đồng thời, Chủ tịch UBND tỉnh chỉ đạo các đơn vị có liên quan đến các tồn tại, vi phạm đã được chỉ ra trong kết luận thanh tra tiến hành tổ chức kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm của tập thể, cá nhân có liên quan.