Chiến công lớn nhất của Phó đô tướng quân Trần Khánh Dư trong cuộc kháng chiến chống quân Nguyên Mông là đánh chìm đoàn thuyền lương Trương Văn Hổ trên vịnh biển Bái Tử Long, góp phần rất quan trọng vào Chiến thắng Bạch Đằng, 1288.
Nhà sử học Phan Huy Chú xếp ông ở hàng thứ tư, chỉ sau Trần Hưng Đạo, Trần Nhật Duật và Phạm Ngũ Lão, đứng trên các tướng tài kiệt hiệt như Trần Quang Khải, Trần Bình Trọng, Trần Quốc Toản, Nguyễn Khoái, Trần Quốc Nghiễn, Trần Quốc Tảng...
Nhưng mặc dù vậy, Trần Khánh Dư chính là người duy nhất không được phong thưởng sau chiến thắng giặc Nguyên Mông năm 1289 cũng như sau đó, và suốt cả cuộc đời...
Đền thờ Nhân Huệ vương Trần Khánh Dư tại Vân Đồn (Quảng Ninh).
Theo Đại Việt sử kí toàn thư (ĐVSKTT), trong cuộc kháng chiến chống quân Nguyên lần 2 và lần 3, bố phòng của quân đội nhà Trần như sau: Phía Nam, giao cho Trần Quang Khải, sử gia giặc gọi là Thái soái, đóng đại bản doanh ở Thanh Hoá.
Phía Tây Bắc giao cho Trần Nhật Duật, đóng đại bản doanh ở Yên Bái. Phía Đông Bắc giao cho Trần Khánh Dư, đóng đại bản doanh ở Vân Đồn (cũng vì thế mà các sử gia gọi ông là Vân Đồn phó tướng).
Còn mặt trận trung tâm, đối đầu với đạo quân mạnh nhất là kị binh giặc Nguyên Mông thường đánh thẳng từ Lạng Sơn vào kinh thành Thăng Long, Trần Hưng Đạo tự đảm nhận, cùng anh trai là Trần Tung, con rể là Phạm Ngũ Lão (từng đóng quân ở phía nam ải Chi Lăng).
Bốn người con trai của Trần Quốc Tuấn là Trần Quốc Nghiễn, Trần Quốc Hiện, Trần Quốc Tảng, Trần Quốc Uất, đóng đại bản doanh ở Vạn Kiếp. Như vậy, cương vị của Trần Khánh Dư tương đương như các Đô nguyên soái, nhưng chức vẫn chỉ là Phó đô tướng quân.
Nói về lí do Trần Khánh Dư không được phong thưởng, sách Đại Việt sử ký toàn thư ghi: “Khánh Dư đánh nhau với giặc bị thua. Thượng hoàng nghe tin, sai trung sứ xiềng Khánh Dư đem về kinh đô. Khánh Dư bảo với trung sứ rằng: “Lấy quân luật mà xử, tôi xin chịu tội, nhưng xin hoãn cho vài ba ngày, để tôi lập công chuộc tội, rồi sẽ chịu búa rìu cũng chưa muộn”.
Vì thế, khi Khánh Dư thắng giặc, như đã nói trên, “Thượng hoàng tha tội trước, không hỏi đến”. Còn vì sao, đứng đầu một “phương diện quân” (như cách nói hiện đại thời nay) mà Trần Khánh Dư chỉ có chức Phó tướng là bởi trước đó ông có tiền án: Tử hình bằng hình thức “đánh chết ở hồ Tây” do tội thông dâm với công chúa Thiên Thụy, vợ Trần Quốc Nghiễn, chị ruột vua Trần Nhân Tông.
Vua thương tài làm tướng nên bảo đội thi hành án: “Chớ đánh đau quá để không đến nỗi chết”. “Rồi xuống chiếu, cách hết quan tước, tịch thu sản nghiệp, không để lại cho một tí gì”.
Đến khi vua họp vương hầu ở bến Bình Than, Trần Khánh Dư được vua “xuống chiếu tha tội”. “Vua ban cho áo ngự, vị thứ ngồi ở dưới các vương, trên các công hầu”…
Như vậy, đủ thấy ở thời nhà Trần, pháp luật rất nghiêm minh, công tội rõ ràng. Vì vậy, khi Trần Khánh Dư nghỉ hưu tại Vân Đồn (Quảng Ninh), vua Trần Minh Tông đến tận nơi thăm hỏi, mới có câu thơ: “Long chuẩn hà tằng đồng điếu huệ/ Biến chu hưu phiếm Ngũ Hồ dao”. Nghĩa là: Ta có mũi rồng, không có cái mũi mỏ quạ như Câu Tiễn, nên ông không phải bỏ ta mà đi ngao du Ngũ Hồ như Phạm Lãi khi xưa…