Dự án Thủy điện Ngòi Hút 2 được cấp Giấy chứng nhận đầu tư (GCN đầu tư) lần đầu này 28/12/2007, tại xã Tú Lệ, huyện Văn Chấn với quy mô 48MW, diện tích sử dụng 164 ha, tổng mức đầu tư là hơn 1.000 tỷ đồng. Tiến độ thực hiện từ năm 2008 – 2011. Sau 7 lần điều chỉnh, dự án còn chiếm 130 ha diện tích sử dụng đất, tổng vốn đầu tư là hơn 1.500 tỷ đồng.
Kết luận của Thanh tra Chính phủ cho biết, dựa trên hồ sơ thiết kế khai thác rừng tự nhiên của Lâm trường Văn Yên năm 2010, sản lượng khai thác gỗ trên diện tích thực hiện dự án Thủy điện Ngòi Hút 2 là hơn 1.737m3 gỗ tròn. Để triển khai dự án Thủy điện Ngòi Hút 2, UBND huyện Văn Yên đã xin phép UBND tỉnh Yên Bái; Sở Nông nghiệp và PTNT để chỉ định thầu đơn vị khai thác gỗ và được chấp thuận.
Ngày 22/3/2010, UBND huyện Văn Yên có bản phê duyệt kết quả chỉ định gói thầu khai thác gỗ GPMB thi công công trình thủy điện Ngòi Hút 2, đơn vị thực hiện là Công ty TNHH xây dựng Trường Thành thị xã Sơn La, tỉnh Sơn La. Vị trí khai thác thuộc diện tích chuyển đổi mục đích sử dụng đất rừng tự nhiên tại địa bàn xã Phong Dụ Thượng, huyện Văn Yên.
Sau khi được phê duyệt, việc tổ chức khai thác 452m3 gỗ, tổ chức đấu giá thanh lý và thu về số tiền 452 triệu đồng. Đơn vị tổ chức đấu thầu đã chi 421 triệu đồng, chỉ còn nộp về ngân sách nhà nước 30 triệu đồng.
Đối với việc chỉ định gói thầu khai thác gỗ với khối lượng theo thiết kế khai thác 1.737m3 gỗ tròn, giá trị gói thầu 2,6 tỷ đồng, Kết luận của Thanh tra Chính phủ khẳng định UBND huyện Văn Yên đã thực hiện chưa đúng quy định tại Luật Đấu thầu.
Ngoài ra, trong quá trình khai thác gỗ và quản lý rừng, do quản lý yêu kém nên để mất 321m3 gỗ (từ nhóm II đến nhóm V và nhóm VII).
Qua kiểm tra, đo đếm thực tế trên diện tích 28,2 ha đã được cấp phép, diện tích đã khai thác để xây dựng nhà máy, đường giao thông, xây dựng các công trình phụ trở là 10 ha; diện diện tích còn lại trên 17 ha, kết quả xác định được trữ lượng gỗ còn lại chưa khai thác là 879 m3.
Không chỉ bị phát hiện khai thác gỗ trái quy định, thiết kế cơ sở và GCN đầu tư thực hiện dự án của Trường Thành cũng có dấu hiệu "nhập nhằng" trong việc xác định đầy đủ địa điểm xây dựng dự án. Theo đó, tại lần điều chỉnh thứ 2, địa điểm thực hiện dự án, nội dung vị trí xây dựng tuyến đập và hồ chức nước thuộc địa bàn giáp ranh giữa xã Tú Lệ, huyện Văn Chấn và xã Nậm Có, huyện Mù Cang Chải. Tuyến Năng lượng, tuyến áp lực và nhà máy phát điện trên địa bàn xã Nậm Có, huyện Mù Cang Chải.
Căn cứ vào hồ sơ tọa độ tại Quyết định phê duyệt hiệu chỉnh quy hoạch thủy điện nhỏ Yên Bái của Bộ Công thương, và kết quả thẩm định thiết kế cơ sở dự án thủy điện Ngòi Hút 2 của Sở Công thương tỉnh Yên Bái, Thanh tra Chính phủ phát hiện một vị trí có thực hiện dự án đã bị ghi thiếu.
"Như vậy, theo quy hoạch được Bộ Công thương phê duyệt xác định tọa độ dự kiến, trùng với tọa độ theo Hồ sơ thiết kế cơ sở đã được thẩm định trong dự án đầu tư, đều có địa điểm xây dựng dự án tại xã Phong Dụ Thượng, huyện Văn Yên. Tuy nhiên, thiết kế cơ sở và GCN đầu tư ghi thiếu địa điểm xây dựng dự án tại xã Phong Dụ Thượng, huyện Văn Yên", Kết luận của Thanh tra Chính phủ chỉ rõ.
Đáng chú ý, xã Phong Dụ Thượng, huyện Văn Yên là địa điểm Công ty Trường Thành được giao thầu khai thác gỗ trái quy định.
Sau khi kết thúc thanh tra trực tiếp tại địa phương, ngày 17/8/2022, UBND tỉnh Yên Bái đã ban hành quyết định thu hồi 14,5 đất phi nông nghiệp tại thôn Thượng Sơn, xã Phong Dụ Thượng, huyện Văn Yên. Lý do nêu ra là bởi Công ty Trường Thành không còn nhu cầu sử dụng và tự nguyện trả lại đất.
Tới ngày 16/1/2023, phần diện tích thực hiện dự án tại xã Phong Dụ Thượng, huyện Văn Yên mới được bổ sung vào địa điểm dự án thủy điện Ngòi Hút 2.
Để xảy ra vi phạm, Thanh tra Chính phủ kết luận trách nhiệm thuộc UBND tỉnh Yên Bái (Chủ tịch UBND, phó Chủ tịch UBND tỉnh phụ trách) cùng các Sở Kế hoạch và Đầu tư, Công thương, Tài nguyên & Môi trường, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, UBND huyện Văn Yên, Công ty TNHH Trường Thành và các tổ chức, cá nhân có liên quan.
Công ty TNHH Xây dựng Trường Thành (tỉnh Sơn La) thành lập ngày 4/12/2000, trụ sở doanh nghiệp đặt tại thành phố Sơn La, tỉnh Sơn La. Theo nội dung thay đổi đăng ký doanh nghiệp năm 2017, công ty này có vốn điều lệ là 320 tỷ đồng, với 8 cổ đông. Trong đó, 3 người nắm tỷ lệ sở hữu cao nhất là ông Trần Huy Đức giữ 55,8%, ông Trần Huy Thiệu giữ 22,5% và bà Trần Thị Hường giữ 11,5%.
Công ty TNHH Xây dựng Trường Thành được biết đến như 1 công ty con của Công ty CP Đầu tư xây dựng và Phát triển Trường Thành. Trên địa bàn tỉnh Yên Bái, nhóm doanh nghiệp thuộc hệ sinh thái của Trường Thành cũng đang sở hữu nhiều nhà máy thủy điện như Ngòi Hút 2, Ngòi Hút 2A, Pá Hu, Nậm Búng.