Tại kết luận điều tra giai đoạn 2 vụ án chuyến bay giải cứu, Cơ quan An ninh điều tra - Bộ Công an đề nghị truy tố một cựu sĩ quan trong lực lượng về tội che giấu tội phạm là Nguyễn Xuân Thông.
Theo điều tra, Nguyễn Xuân Thông quen biết với Trần Minh Tuấn (đã bị phạt tù trong giai đoạn 1 vụ án) từ năm 2009, hai người thường xuyên gặp gỡ, tham gia thực hiện các công việc.
Tháng 6/2021, Nguyễn Xuân Thông được Trần Minh Tuấn trao đổi, bàn bạc về việc Tuấn đang thực hiện việc tổ chức chuyến bay đưa người lao động Việt Nam ở nước ngoài về nước tránh dịch Covid-19. Tuấn cho Thông biết có mối quan hệ và nhờ được 4 Bộ trong Tổ công tác 5 Bộ giúp đỡ; riêng Bộ Công an Tuấn nhờ Thông kết nối, tác động.
Từ đề nghị trên, bị can Thông nhờ Cục Quản lý Xuất nhập cảnh Bộ Công an kiểm tra, sớm ban hành văn bản đồng ý cho Tuấn được tổ chức, thực hiện chuyến bay, đưa người từ Đài Loan về Hải Dương cách ly.
Từ tháng 7 - 9/2021, Trần Minh Tuấn nhiều lần gửi cho Nguyễn Xuân Thông qua ứng dụng Zalo ảnh chụp các văn bản về chủ trương, kế hoạch tổ chức các chuyến bay đón công dân về nước. Trong đó có 2 văn bản đóng dấu "Mật" của Bộ Y tế và Bộ Ngoại giao.
Tuấn tiếp tục cho Thông biết các bộ còn lại Tuấn vẫn "xử lý được", đề nghị Thông tiếp tục can thiệp, tác động đến Cục Quản lý Xuất nhập cảnh để giải quyết thủ tục xin cấp phép tổ chức chuyến bay.
Tuy nhiên, sau đó giữa Tuấn và Phạm Bích Hằng, Phó giám đốc Công ty Du lịch Quốc tế, (đã bị phạt tù trong giai đoạn 1 vụ án) có mâu thuẫn nên không tiếp tục thực hiện các chuyến bay nữa.
Tháng 6/2022, Tuấn thông báo cho Nguyễn Xuân Thông biết Tuấn đang bị điều tra và nhờ giúp đỡ. Ngày 19/7/2022, Cơ quan An ninh điều tra có Giấy triệu tập Trần Minh Tuấn đến làm việc vào ngày 20/7/2022 nhưng bị can Thông gọi điện đến đơn vị này, giới thiệu bản thân công tác tại Cơ quan Ủy ban kiểm tra Đảng ủy Công an Trung ương.
Thông đề nghị điều tra viên của cơ quan an ninh cho Trần Minh Tuấn được lùi thời gian làm việc vào ngày khác với lý do Tuấn đang đi công tác tại Nghệ An, không về kịp.
Ngày 28/7/2022, Trần Minh Tuấn gặp Nguyễn Xuân Thông và một luật sư tại quán ăn gần trụ sở Bộ Công an với mục đích để xin tư vấn, hướng dẫn các nội dung liên quan đến vụ án theo hướng có lợi. Khi đó, Tuấn cho hay có nhận hơn 10 tỷ đồng của Phạm Bích Hằng để đi đưa hối lộ cho các cá nhân có thẩm quyền và chi phí trong việc xin tổ chức chuyến bay cho một số doanh nghiệp của Hằng.
Tuấn đề nghị Nguyễn Xuân Thông hướng dẫn nên khai với cơ quan điều tra theo hướng có lợi. Vị cán bộ công an đã cùng với các cá nhân trao đổi, thảo luận và thống nhất hướng dẫn Tuấn không được khai với cơ quan điều tra về số tiền Tuấn đã nhận của Hằng để đi đưa hối lộ, phải khai gian dối là đã trả lại hết cho Hằng bằng tiền mặt, có người chứng kiến; những nội dung khác khai không biết để về suy nghĩ, trả lời sau.
Ngày 3/8/2022, Trần Minh Tuấn đến làm việc, khai báo nội dung gian dối về hành vi phạm tội như đã được hướng dẫn. Từ ngày 26/10/2022, Tuấn còn bỏ trốn khỏi nơi cư trú và một tháng sau mới bị bắt khi đang lẩn trốn tại Thừa Thiên - Huế. Quá trình tạm giam để điều tra, Trần Minh Tuấn vẫn tiếp tục khai báo gian dối như đã được hướng dẫn để che giấu hành vi phạm tội, gây khó khăn, cản trở rất lớn cho công tác điều tra.
Cơ quan điều tra cho rằng, Nguyễn Minh Thông biết rõ Tuấn đưa hối lộ, tác động người của 4 bộ trong quá trình xin cấp phép chuyến bay giải cứu nhưng sau đó vẫn hướng dẫn khai báo giai dối, gây khó khăn cho điều tra. Do vậy, hành vi của Thông phạm vào tội che giấu tội phạm.
Trong giai đoạn 1 vụ án, cơ quan tố tụng đã xử lý một số cán bộ Cục Xuất nhập cảnh Bộ Công an do có hành vi nhận hối lộ trong quá trình thực hiện các chuyến bay giải cứu. Ngoài ra, cựu điều tra viên Hoàng Văn Hưng bị phạt 20 năm tù về tội "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản"; cựu Thiếu tướng Nguyễn Anh Tuấn lĩnh án 4 năm vì "Môi giới hối lộ".