Theo Bộ Tài chính, Luật Quản lý thuế hiện hành chỉ có quy định Cục trưởng Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương có thẩm quyền quyết định hoàn thuế đối với trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế.
Do đó, Cục trưởng Cục Thuế doanh nghiệp lớn không có thẩm quyền quyết định hoàn thuế đối với trường hợp hoàn thuế theo pháp luật thuế. Trong thời gian qua một số Tập đoàn, Tổng công ty do Cục Thuế doanh nghiệp lớn quản lý phải chuyển về cho Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương quản lý để giải quyết hoàn thuế cho người nộp thuế.
Điều này chưa đảm bảo nguyên tắc người nộp thuế lớn phải do Cục Thuế doanh nghiệp lớn quản lý. Đối với người nộp thuế do Chi cục Thuế trực tiếp quản lý, dù hồ sơ hoàn do Chi cục Thuế tiếp nhận nhưng Chi cục trưởng Chi cục Thuế lại không có thẩm quyền quyết định hoàn thuế, tình trạng này làm kéo dài thời gian giải quyết hồ sơ hoàn thuế và chưa tạo thuận lợi cho người nộp thuế.
Vì những nguyên nhân đã nêu, Bộ Tài chính đề xuất sửa đổi, bổ sung tại khoản 1 Điều 76 Luật Quản lý thuế. Quy định mới được thực hiện theo hướng bổ sung thẩm quyền quyết định hoàn thuế của Cục trưởng Cục Thuế doanh nghiệp lớn, Chi cục trưởng Chi cục Thuế và Chi cục trưởng Chi cục Thuế khu vực.
Đề xuất nhằm đẩy mạnh việc phân cấp, phân quyền trong giải quyết hoàn thuế cho cơ quan thuế các cấp theo hướng cơ quan thuế nào tiếp nhận hồ sơ phải trực tiếp giải quyết và quyết định hoàn thuế. Từ đó, tạo thuận lợi cho người nộp thuế được giải quyết hồ sơ hoàn thuế nhanh.
Bên cạnh việc mở rộng thẩm quyền người quyết định hoàn thuế, tại nhóm chính sách hoàn thiện quy định để tháo gỡ vướng mắc, nâng cao hiệu lực hiệu quả quản lý thuế, tăng cường trách nhiệm công vụ.. Bộ Tài chính cũng đề xuất bổ sung quy định liên quan đến nguyên tắc quản lý thuế.
Theo đó, Bộ Tài chí cho biết pháp luật về quản lý thuế chưa quy định rõ trách nhiệm của công chức trong quản lý thuế, đặc biệt trong lĩnh vực hoàn thuế. Theo quy định của Luật Quản lý thuế thì người nộp thuế phải có trách nhiệm tự tính, tự kê khai, tự nộp thuế và chịu trách nhiệm về việc kê khai, nộp thuế của mình theo quy định của pháp luật.
Cơ quan thuế sẽ thực hiện hậu kiểm theo nguyên tắc quản lý rủi ro. Mặc dù hiện nay đã áp dụng hóa đơn điện tử, có kết nối chuyển dữ liệu đến cơ quan thuế trên toàn quốc tạo thuận lợi cho doanh nghiệp trong hoạt động sản xuất kinh doanh, giúp ngành thuế có cơ sở dữ liệu để phân tích, đánh giá rủi ro và tiến hành thanh tra, kiểm tra kịp thời các doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro cao về thuế.
Tuy nhiên, việc áp dụng hóa đơn điện tử chưa thể ngăn chặn được việc doanh nghiệp lập hóa đơn khống. Thời gian qua nhiều vụ việc mua bán hóa đơn với số tiền thuế lớn đã bị cơ quan công an qua nghiệp vụ điều tra phát hiện. Cán bộ thuế không thể kiểm soát hết được thông tin, dữ liệu nếu người nộp thuế kê khai gian lận.
Mặc khác, cơ quan thuế chưa có chức năng điều tra nên việc xác minh về hoạt động mua bán của người nộp thuế mất rất nhiều thời gian và cần sự phối hợp của nhiều cơ quan, đơn vị như ngân hàng thương mại, đơn vị vận chuyển và các cơ quan quản lý nhà nước như công an, hải quan,…
Do đó, Bộ Tài chính đề xuất sửa đổi, bổ sung khoản 2 Điều 5 Luật Quản lý thuế quy định trách nhiệm của công chức quản lý thuế để thực hiện đầy đủ chức trách nhiệm vụ được giao theo quy định của pháp luật nhằm phục vụ tốt nhất cho việc thực hiện nghĩa vụ thuế của người nộp thuế.
Cụ thể, đề xuất bổ sung quy định công chức quản lý thuế chịu trách nhiệm giải quyết hồ sơ thuế theo đúng chức trách, nhiệm vụ, tuân thủ quy định của pháp luật về quản lý thuế và pháp luật có liên quan trong phạm vi hồ sơ, tài liệu của người nộp thuế cung cấp, văn bản thông tin của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cung cấp có liên quan đến giải quyết hồ sơ thuế của người nộp thuế.