Từ đó, UBND TP.HCM chỉ đạo các sở ngành, nhà đầu tư thu nộp ngân sách nhà nước hơn 355 tỷ đồng. Kiểm tra, rà soát, quyết toán lại dự án đường dẫn cầu Phú Mỹ theo đúng quy định pháp luật, không để thất thoát tiền, tài sản nhà nước.
Dự án đường dẫn kết nối với cầu Phú Mỹ được khởi công từ năm 2008, đến năm 2014 dự án hoàn thành. Nhưng điều bất cập tại dự án này là việc chỉ định nhà đầu tư, điều chỉnh hợp đồng, chi sai, quyết toán giá trị hợp đồng sau 4 năm công trình hoàn thành và đưa vào khai thác…
Theo Kiểm toán nhà nước, tại dự án đường dẫn cầu Phú Mỹ, việc chuyển hình thức đầu tư từ sử dụng ngân sách nhà nước sang hình thức đối tác công tư chưa được UBND TP.HCM gửi Bộ KHĐT, các bộ, ngành liên quan lấy ý kiến.
Đáng chú ý, UBND TP.HCM không tổ chức đấu thầu lựa chọn nhà đầu tư, mà chỉ định Công ty BOT cầu Phú Mỹ (sau đổi thành Công ty CP Đầu tư xây dựng Phú Mỹ) làm nhà đầu tư. Tuy nhiên, nhà đầu tư lại không lập hồ sơ đề xuất gửi UBND TP.HCM, không có văn bản xác minh năng lực tài chính.
Nhà đầu tư hạn chế năng lực tài chính nên phải thay đổi hình thức thanh toán, không thực hiện đúng cam kết về việc hoàn thành 5,5km còn lại của tiểu dự án đường vành đai phía Đông sau khi được thanh toán 450 tỷ đồng và hoàn thành công trình sau 4 tháng kể từ khi nhận được số tiền thanh toán 179 tỷ đồng.
Dự án được triển khai nhưng không lập, phê duyệt theo Nghị định về đầu tư theo hình thức hợp đồng xây dựng – kinh doanh - chuyển giao (nghị định năm 2007 của Chính phủ), thiếu nội dung thuyết minh về hiệu quả đầu tư, không thẩm định dự án. Giá trị tổng mức điều chỉnh tăng 226,9 tỷ đồng chưa đúng. Việc áp dụng giá vật liệu, nhân công chưa đúng thời điểm lập và phê duyệt thiết kế bản vẽ thi công.
Việc chỉ định Công ty TNHH Xây dựng How Yu – Việt Nam làm nhà thầu xây dựng khi chưa đủ điều kiện pháp lý thực hiện; tổ chức thi công không đúng thiết kế nên để xảy ra sự cố và hư hỏng một số hạng mục khi kiểm tra, nghiệm thu đưa vào sử dụng.
Tiến độ dự án kéo dài 55 tháng nhưng UBND TP.HCM chưa xác nhận trách nhiệm của nhà đầu tư khi chậm tiến độ. Thời gian quyết toán dự án bị kéo dài 4 năm kể từ khi hoàn thành.
Ngày 6/3/2008, UBND TP.HCM và Công ty CP BOT cầu Phú Mỹ ký Hợp đồng dự án đường dẫn kết nối với cầu Phú Mỹ. Lần lượt vào tháng 12/2010, tháng 2/2012 và tháng 3/2013 diễn ra việc ký 3 Phụ lục hợp đồng sửa đổi, bổ sung một số điều của hợp đồng nói trên.
Vào tháng 6/2016, ông Bùi Xuân Cường (Giám đốc Sở GTVT TP.HCM) ký văn bản kiến nghị UBND TP.HCM chấp thuận chi phí đầu tư của dự án BT đường dẫn kết nối với cầu Phú Mỹ là 2.917 tỷ đồng (làm tròn); thay vì 1.275 tỷ đồng được UBND TP.HCM phê duyệt trước đó.
Trên cơ sở đó, ngày 1/9/2016, ông Lê Văn Khoa - Phó Chủ tịch UBND TP.HCM (hiện đã nghỉ hưu) ký văn bản chấp thuận đề xuất của Sở GTVT TP.HCM về chi phí đầu tư hoàn thành dự án BT đường dẫn kết nối cầu Phú Mỹ là 2.917 tỷ đồng.
Tiếp đó, ngày 16/7/2018, ông Trần Vĩnh Tuyến, lúc đó là Phó Chủ tịch UBND TP.HCM (hiện là bị can trong vụ án liên quan đến vụ án khác) ký quyết định duyệt quyết toán công trình đường dẫn kết nối cầu Phú Mỹ, với giá trị quyết toán là 2.792 tỷ đồng (tăng 1.517 tỷ đồng so với tổng vốn đầu tư được duyệt ban đầu); trong đó, ngân sách TP.HCM đã thanh toán cho chủ đầu tư là 2.779 tỷ đồng.
Quyết định do ông Tuyến ký giao Sở GTVT TP.HCM có trách nhiệm ghi sổ sách quản lý tài sản 2.792 tỷ đồng. Tuy nhiên, ngày 10/10/2018, ông Bùi Xuân Cường - thay mặt UBND TP.HCM - lại đưa số tiền 2.792 này vào "Phụ lục hợp đồng" điều chỉnh, bổ sung một số điều, như là một phần không thể tách rời của "Hợp đồng BT".
Như vậy, từ con số 1.275 tỷ đồng tổng mức đầu tư ban đầu đến cuối cùng thì giá trị được phê duyệt đã "nhảy múa" lên 2.972 tỷ đồng.
Về vấn đề này, Kiểm toán nhà nước chỉ rõ, Quyết định phê duyệt quyết toán của UBND TP.HCM còn nhiều sai sót. Qua kiểm toán phải giảm trừ 368 tỷ đồng; trong đó giảm quyết toán chi phí trong tổng mức đầu tư gần 122 tỷ đồng, giảm quyết toán chi phí khác thuộc Hợp đồng BT là 246 tỷ đồng.
Ngoài ra, UBND TP.HCM phê duyệt quyết toán dự án còn có một số nội dung chưa đủ cơ sở pháp lý, chưa phù hợp với các quy định của Hợp đồng BT với giá trị 646,5 tỷ đồng, chưa xem xét điều chỉnh chi phí lãi vay, chi phí lãi bảo toàn vốn trong thời gian xây dựng tương ứng với thuế GTGT nhà đầu tư đã được hoàn, khấu trừ khi quyết toán…
Với hàng loạt sai phạm trên, ngày 7/8/2020, Phó Chủ tịch UBND TP.HCM Võ Văn Hoan đã chỉ đạo đối với dự án BT đường dẫn Phú Mỹ thu hồi để nộp ngân sách Nhà nước hơn 355 tỷ đồng và giao cho Sở Tài chính khẩn trương rà soát số tiền đã quyết toán giá trị hơn 646 tỷ đồng.
Dự án đường dẫn kết nối với cầu Phú Mỹ gồm 3 dự án thành phần: xây dựng nút giao thông khu A Nam Sài Gòn, công trình đường trên cao nối từ nút giao Khu A Nam Sài Gòn đến cầu Phú Mỹ và đoạn đường vành đai phía Đông từ chân cầu Phú Mỹ đến Tỉnh lộ 25B (nay là đường Đồng Văn Cống). Dự án được khởi công từ năm 2008, đến năm 2014. Dự án bao gồm Tổng mức đầu tư thực hiện dự án theo các quyết định được UBND Thành phố phê duyệt là 1.275 tỷ đồng.
Đáng chú ý dự án hoàn thành từ năm 2014 nhưng phải đến năm 2017 (tại Quyết định 595/QĐ-UBND) UBND TP.HCM mới duyệt điều chỉnh báo cáo nghiên cứu khả thi dự án (!).