Nguyên nhân trực tiếp khiến Nga đi đến quyết sách này là việc NATO trục xuất 8 nhân viên trong phái bộ đại diện của Nga ở NATO và không đồng ý cho Nga cử nhân sự luân chuyển 2 nhân viên khác.
Nga và NATO lập phái bộ đại diện này hồi năm 2001, một năm trước khi Nga và NATO thoả thuận thành lập Hội đồng NATO - Nga làm khuôn khổ hợp tác song phương được thể chế hoá. Phái bộ của Nga ở NATO có 30 nhân viên. Sau khi Nga tiếp nhận Crimea, NATO trục xuất 10 nhân viên của Nga. Mối quan hệ giữa NATO và Nga xấu đi nhanh chóng và nghiêm trọng từ sau khi Nga tiếp nhận Crimea. NATO cùng Mỹ, EU và một số đồng minh khác nữa áp dụng những biện pháp trừng phạt Nga. Hội đồng NATO - Nga tồn tại gần như chỉ còn trên danh nghĩa, hãn hữu lắm mới nhóm họp và có nhóm họp cũng chẳng đưa lại kết quả tích cực nào.
Sự tồn tại của phái bộ đại diện của bên này ở bên kia là cầu nối hợp tác duy nhất giữa Nga và NATO. Quan hệ song phương càng xấu đi thì sự tồn tại của phái bộ này lại càng thêm quan trọng đối với hai bên, đặc biệt đối với NATO.
Nó giúp hai bên kịp thời xử lý chuyện đột biến, ngăn ngừa những hiểu lầm và đánh giá sai về nhau có thể dẫn đến những quyết sách tai hại. Nó là chút tin cậy lẫn nhau ít ỏi còn có được giữa hai bên trong bối cảnh tình hình chung là quan hệ giữa NATO và Nga tiếp tục xấu đi nghiêm trọng.
Chính sách và quan hệ của Nga với NATO gắn liền với chính sách và quan hệ của Nga với Mỹ, EU và các nước khác ở châu Âu. Rất nhiều thành viên NATO đồng thời là thành viên EU. Thời xưa cũng như thời nay và cả trong tương lai nữa, Mỹ vẫn đóng vai trò quan trọng và quyết định nhất trong NATO. Vì thế, xử lý quan hệ với NATO còn là phương cách và hình thức của Nga xử lý quan hệ với Mỹ, EU và với các nước châu Âu khác.
Thực tiễn xưa nay cho thấy EU và NATO cùng Mỹ và các đồng minh khác luôn phối hợp hành động trong quan hệ chung cũng như riêng với Nga. Và cả ở châu Âu chứ không phải chỉ có ở trên thế giới nói chung, Mỹ mới là đối tác và đối thủ chính của Nga về chính trị an ninh, quân sự và quốc phòng.
Việc thành lập phái bộ đại diện của bên này ở bên kia và sự ra đời của Hội đồng NATO - EU mở ra thời kỳ quan hệ hợp tác mới giữa NATO và Nga. Hai bên có được sự tin cậy lẫn nhau tương đối, hợp tác với nhau lấn át đối phó nhau.
NATO tiếp tục "Đông tiến", chiến tranh ở Grudia và vấn đề dân chủ, nhân quyền ở Nga dần làm cho mối quan hệ song phương giữa NATO và Nga lạnh nhạt, đầy nghi ngại lẫn nhau. Các nước Phương Tây cáo buộc Nga đầu độc mấy cựu điệp viên và trừng phạt Nga, chính biến ở Ucraine với hệ luỵ trực tiếp là Nga tiếp nhận Crimea và nội chiến, ly khai ở Ucraine cùng với sự can dự quân sự trực tiếp của Nga vào Syria đã chấm dứt thời kỳ quan hệ thân ái giữa NATO và Nga.
Trừng phạt Nga, cô lập Nga về chính trị và trục xuất nhân viên Nga làm việc trong các cơ quan ngoại giao và lãnh sự của Nga ở nước ngoài được Mỹ, EU, NATO và đồng minh liên tục áp dụng đối với Nga. Chúng tạo cảm nhận chung là NATO ở cửa trên với Nga và o ép Nga. Đương nhiên, Nga trả đũa tương xứng. Quyết định mới đây của NATO trục xuất nhân viên Nga cho thấy NATO nói riêng và Phương Tây nói chung kiên định chính sách nói trên đối với Nga.
Nó khiến phía Nga cảm nhận thấy bị NATO làm tổn hại tới thể diện quốc gia và uy danh quốc tế đến mức không còn có thể chấp nhận được nữa. Ngừng hoạt động của các phái bộ đại diện của bên này ở bên kia không có nghĩa Nga cắt đứt quan hệ hợp tác với NATO mà mới chỉ làm đứt đoạn kênh liên hệ, tiếp xúc và trao đổi trực tiếp giữa hai bên. Nga buộc NATO phải chơi cuộc chơi khác với Nga mà trong đó những biện pháp chính sách lâu nay được NATO áp dụng với Nga không còn có được hiệu quả như trước nữa.
Từ bây giờ cho tới khi hoạt động bình thường của các phái bộ đại diện này được khôi phục, mọi chuyện giữa NATO và Nga được xử lý qua đại sứ quán Nga tại Bỉ và đại sứ quán của một thành viên NATO nào đấy ở Nga.
Nga đang chứng tỏ nắm thế chủ động trong xử lý quan hệ giữa Nga và NATO, cả tấn công và đi bước trước chứ không chỉ đối phó và phòng thủ như lâu nay. NATO sẽ gặp khó khăn hơn trước rất nhiều trong việc xử lý những chuyện ở châu Âu và trên thế giới cần đến sự hợp tác của Nga như an ninh châu lục, giải trừ vũ khí hạt nhân, Ukraine, Afghanistan, vấn đề hạt nhân của Iran, khủng bố, an ninh mạng hay ly khai lãnh thổ. NATO càng khó khăn hơn với chủ ý kết nạp thêm thành viên mới ở châu Âu.
Nga xoay chuyển thế cuộc với NATO đúng vào khi NATO rạn vỡ nội bộ sâu sắc bởi nhiều chuyện cũ và mới. Quan hệ giữa Nga và NATO hiện tồi tệ như chưa từng thấy kể từ sau Chiến tranh lạnh và NATO ngày càng thêm yếu thế hơn so với Nga.