Thế nhưng những năm tháng cuối cùng của thời nhà Lý lại là những bức tranh u ám đối lập hoàn toàn với thuở sơ khai.
Những vị vua sau tài hèn đức mọn, đặc biệt Lý Cao Tông hoang chơi sa đọa, con trai Thái tử Lý Hạo Sảm u tối, nhu nhược. Đất nước Đại Việt bấy giờ lâm vào tình cảnh rối ren, vua Lý Cao Tông còn đang loay hoay không tìm ra lối thoát để đối phó sự nổi loạn của Quách Bốc (giặc nổi dậy).
Lễ hội khai ấn đền Trần (Nam Định).
Cuộc chiến giữa các sứ quân, hào trưởng địa phương ngày càng hỗn loạn và nhà Lý không còn khả năng trấn áp. Cuối cùng Lý Cao Tông bỏ kinh thành Thăng Long chạy trốn về Thiên Trường trú nhờ nhà dân làm nghề đánh cá. Trong thời gian này thái tử Sảm (con vua Cao Tông) lấy cô gái họ Trần (Trần Thị Dung) người vùng này làm vợ.
Từ đó, anh em họ Trần chiêu mộ binh sĩ giúp Thái tử Sảm về kinh trừng trị bọn Quách Bốc, đón vua cha Lý Cao Tông về lại kinh thành, ông làm vua thêm một năm thì lâm bệnh rồi băng hà ở tuổi 38.
Trong 9 vị vua nhà Lý, 8 vị được thờ tại đền Đô ở phía đông làng Cổ Pháp (nay là đền Lý Bát Đế thuộc khu phố Thượng, phường Đình Bảng, thị xã Từ Sơn, tỉnh Bắc Ninh) để ngày ngày đón hào quang bình minh; còn vua Lý Chiêu Hoàng thờ tại đền Rồng ở phía tây để hoàng hôn rọi vào rồi nhạt dần dành cho màn đêm buông xuống, bóng tối bao phủ ngôi đền ảm đạm như mang theo nỗi u uẩn số phận của một nữ vương.
Có nhiều ý kiến khác nhau nhưng phần lớn cho rằng vì vua bà đã để mất ngôi nhà Lý, là mang tội với dòng họ, vì vậy không được thừa nhận và phải thờ riêng; cũng có ý kiến, do bà đã đi lấy chồng nên thuộc tôn thất nhà Trần, không được thờ chung với các bậc tiên vương.
Tuy là một vị vua chính thức của vương triều nhà Lý nhưng Lý Chiêu Hoàng đã không được sử sách công nhận một cách công bằng.
Ngược dòng lịch sử, năm 1211 Thái tử Lý Hạo Sảm kế vị ngôi vua, lấy hiệu Huệ Tông. Bấy giờ các thế lực chống đối nổi lên như ong vỡ tổ, đói kém triền miên năm này qua năm khác; nói chung cơ nghiệp mà Lý Huệ Tông kế thừa từ vua cha là một vương triều đang lâm vào thời kỳ suy thoái.
Huệ Tông lúc 15 tuổi làm vua, quản triều chính mà tài đức thì kém cỏi, tính tình lại nhu nhược, u mê. Tháng 12-1216, Trần Thị Dung được phong làm Hoàng hậu. Kể từ đó, anh em, thân thuộc họ Trần chiếm hết các chức văn võ quan trọng trong triều.
Trần Tự Khánh làm Phụ chính Thái úy, Trần Thừa làm Nội thị Phán thủ, họ là các anh trai của Hoàng hậu; chưa kể còn người em họ Trần Thủ Độ và hơn 500 anh em dòng tộc Trần nắm giữ những công việc quan trọng khác.
Lý Huệ Tông do không có con trai nên lập Chiêu Thánh công chúa Lý Chiêu Hoàng lên làm Thái tử và truyền ngôi báu, Lý Chiêu Hoàng tại vị ngai vàng được hai năm rồi nhường ngôi lại cho chồng là Trần Cảnh (tức Trần Thái Tông mở đầu cho vương triều Trần).
Triều đại nhà Trần cũng giống như nhà Lý, nhà Lê, nhà Nguyễn… nhưng sao Trần Cảnh không phải là Trần Thái Tổ? Thời nhà Lý, nhà Trần, Phật giáo được xem là quốc đạo, vì vậy các vua thường nắm triều chính vài năm thì nhường lại cho con để vào các chùa tu hành, phụng chức Thái Thượng hoàng, đồng thời “tu nhân tích đức” cho đời sau.
Năm 1224, dưới sức ép của Trần Thủ Độ, vua Lý Huệ Tông chính thức nhường ngôi cho con gái là Chiêu thánh công chúa, tức Lý Chiêu Hoàng lúc này mới 6 tuổi, và ông vào chùa Chân Giáo tu hành.
Từ khi lên làm vua, Lý Chiêu Hoàng đau ốm triền miên, kéo dài hơn sáu tháng, gầy còm, xanh xao, kém ăn, mất ngủ, nhiều lang y tài giỏi trong nước được triệu vào cung bốc thuốc, tìm bệnh, chữa bệnh nhưng không hiệu quả. Lúc này Nội thị Phán thủ Trần Thừa có cậu con trai tên Trần Cảnh cũng tầm tuổi vua, lại có dáng vẻ khôi ngô. Trần Thủ Độ bày mưu cùng Trần Thừa đưa Trần Cảnh vào cung làm Chính thủ phục vụ vua nữ.
Từ ngày đưa Trần Cảnh vào triều, hai đứa bé rất hợp nhau, bệnh vua thuyên giảm dần… Sách Khâm định Việt Sử Thông Giám Cương Mục viết: “Một hôm, Chiêu Hoàng lại lấy cái khăn trầu ném cho Trần Cảnh.
Trần Cảnh lạy, nhận lấy, rồi mách với Thủ Độ. Thủ Độ liền đem gia thuộc và họ hàng vào trong cung cấm, sai đóng các cửa thành lại. Trăm quan tiến triều không vào được. Thủ Độ nhân thế, loan báo cho mọi người: "Bệ hạ đã có chồng rồi!". Các quan đều vâng lời và xin chọn ngày vào hầu để làm lễ yết kiến”.
Dưới sự “đạo diễn” của Trần Thủ Độ, vở kịch chuyển giao ngôi vị từ họ Lý sang họ Trần kết thúc vào ngày 11 tháng Chạp năm Ất Dậu (1225), tại điện Thiên An, Lý Chiêu Hoàng xuống chiếu “nhường ngôi cho chồng”.
Trần Cảnh mở đầu cho vương triều Trần nhưng hậu thế không gọi là Trần Thái Tổ bởi vì đây là sự sắp đặt của ba người lớn nắm quyền lực của họ Trần là Trần Thừa, Trần Thủ Độ và Trần Thị Dung. Việc Trần Cảnh được họ Lý nhường ngôi lên làm vua lấy hiệu là Thái Tông thì theo lẽ cha Trần Cảnh là Trần Thừa, dù chưa làm vua giây phút nào vẫn được tôn lên làm Thượng hoàng.
Trần Thừa sinh năm 1184 ở làng Tức Mạc, là con trưởng của Trần Lý (sau này giúp Lý Cao Tông dẹp loạn mà chết), là anh của dũng lược tướng quân Thái úy Trần Tự Khánh, Hoàng hậu Trần Thị Dung, anh họ Thái sư Trần Thủ Độ.
Trần Thừa từ nhỏ đã theo cha và cậu đem quân về kinh dẹp giặc giúp vua Lý, sau lại cùng em là Trần Tự Khánh lập nhiều công lao đánh tan dư đảng giặc ngoài cõi nên được Lý Huệ Tông phong làm quan.
Khi Trần Cảnh lên ngôi, Trần Thừa được tôn là Thượng hoàng trông coi việc nước. Trong chín năm ở ngôi Thượng hoàng, ông dung hòa mọi mâu thuẫn với các bậc cựu thần thời Lý để củng cố vương triều, tái thiết đất nước.
Có thể chưa nói hết những công lao của Trần Thừa với triều Trần, với dân tộc; nhưng với những việc kể trên chứng tỏ ông là người có tầm nhìn, góp công lớn trong buổi đầu khai nghiệp. Ông mất năm Giáp Ngọ (1234), hưởng dương 51 tuổi. Sau khi ông mất 12 năm, được truy tôn làm Thái Tổ nhà Trần (tức Trần Thái Tổ).