Sau sự kiện đánh đuổi 29 vạn quân Mãn Thanh xâm lược (1789) ra khỏi bờ cõi, triều Tây Sơn do Hoàng đế Quang Trung làm chủ đã dốc sức xây dựng và củng cố mọi mặt để bảo vệ đất nước, nhất là vùng biên viễn xa xôi.
Để trấn trị miền đất Cao Bằng, Hoàng đế Quang Trung đã cử Phạm Cần Chính làm Tổng binh Cao Bằng, cai quản miền biên giới. Phạm Cần Chính là người ở Phù Cát, tỉnh Bình Định cùng quê với Quang Trung, ông là người có trí tuệ hơn người, cùng Quang Trung ra Bắc đại phá quân Thanh, lập công lớn.
Ông được Quang Trung tin tưởng đặc ban cho ông họ Nguyễn và cử làm Tổng binh trấn giữ Cao Bằng. Phạm Cần Chính là người có mối liên hệ chặt chẽ với các vị tù trưởng, rất am hiểu địa bàn và tình hình dân chúng Cao Bằng.
Tháng 2 năm Kỷ Dậu (1789), vua Quang Trung cử Đô đốc Luyện Vũ hầu làm Trấn thủ Cao Bằng - vẫn được gọi là Cao Bình từ khi tách khỏi thừa tuyên Thái Nguyên trở thành một trấn độc lập trực thuộc triều đình từ năm Cảnh Thống thứ 2 (1499) thời vua Lê Hiến Tông (1498 - 1504).
Khi Quang Trung lên ngôi làm vua, để tránh tên húy của vua Quang Trung là Nguyễn Quang Bình, các vùng đất có tên trùng với tên húy của Quang Trung đều được tay đổi tên gọi bằng một tên khác, từ đó tên của trấn Cao Bình được đổi thành trấn Cao Bằng và trở thành tên gọi chính thức từ đó đến nay.
Ngay khi cuộc chiến tranh kết thúc, Quang Trung đã bắt tay vào việc phục hồi kinh tế của đất nước, trước hết là kinh tế nông nghiệp.
Năm 1789, vua Quang Trung đã ban “Chiếu khuyến nông” kêu gọi dân lưu tán trở về khai khẩn ruộng nương, trong “Chiếu khuyến nông”, Quang Trung nhấn mạnh: “Từ trải qua loạn lạc đến nay, binh hỏa liên miên, lại thêm đói kém, nhân dân lưu tán, ruộng đất bỏ hoang... Trẫm chịu mệnh trời giữ nghiệp lớn, bốn bề trong lặng. Nay buổi đầu đại định chính sách khuyến khích sản xuất làm cho dân giàu, phải được tiến hành lần lượt...” và Quang Trung đã giao cho các thôn trưởng, xã trưởng quán xuyến công việc này.
Thành phố Cao Bằng, tỉnh Cao Bằng ngày nay. Ảnh Thế Vĩnh
Sử cũ còn ghi lại rằng, Quang Trung đã viết thư “Xin mở chợ thông thương cửa ải Bình Thủy ở trấn Cao Bằng” và “cửa ải Du Thôn ở trấn Lạng Sơn”.
Để từ cửa ải Bình Thủy, thương nhân có thể qua lại buôn bán ở phố Mục Mã, trấn lỵ Cao Bằng và từ cửa ải Du Thôn, có thể qua lại buôn bán ở phố Kỳ Lừa, Lạng Sơn. Rất thuận tiện. Những yêu cầu đó được nhà Thanh chấp thuận. Từ những chủ trương cởi mở đó những tụ điểm buôn bán sau một thời kỳ dài lụi tàn được khôi phục.
Sau khi quân Thanh bị Quang Trung đánh bại, Lê Chiêu Thống và một số tôn thất, cựu thần nhà Lê đã chạy sang Trung Quốc nương nhờ nhà Thanh, nuôi ý đồ dựa vào nhà Thanh để phục quốc.
Trong nước, một số tôn thất nhà Lê trốn về các địa phương xa Thăng Long mộ quân chống lại nhà Tây Sơn. Trong số đó có Lê Duy Chi (em thứ 3 của Lê Chiêu Thống) lén lút hoạt động ở cùng biên giới, đắp đồn, xây luỹ, tích chứa lương thực, đem quân đánh phá vùng Tuyên Quang, Cao Bằng, đồng thời liên kết với quân Vạn Tượng (Lào) định đánh úp thành Nghệ An.
Ở Cao Bằng, Lê Duy Chi tập hợp lực lượng tiến đánh xuống Thăng Long.
Trong kế hoạch của các thế lực phản động chuẩn bị tấn công nhà Tây Sơn, Cao Bằng là một hướng trọng yếu. Vì vậy trong nhận thức của vua Quang Trung thì cuộc nổi loạn của Lê Duy Chi ở Cao Bằng cần phải được trấn áp ngay.
Tháng 11/1791, một đạo quân Tây Sơn được lệnh tiến lên Cao Bằng, tấn công vào tận sào huyệt của Lê Duy Chi. Căn cứ Bảo Lạc cùa Lê Duy Chi nhanh chóng bị san phẳng. Lê Duy Chi và đồng bọn bị bắt đưa về Phú Xuân (Huế) trị tội.
Khi vua Quang Trung qua đời (tháng 7/1792), con là Nguyễn Quang Toản lên nối ngôi vua, lấy niên hiệu là Cảnh Thịnh. Năm Tân Dậu (1801), vua Cảnh Thịnh cử Đô đốc Hội Vũ hầu làm Trấn thủ Cao Bằng.
Về cơ bản, cho đến cuối thời trung đại, ở Cao Bằng vẫn còn tồn tại chế độ thổ ty, lang đạo, phìa tạo. Đó là tổ chức hành chính cổ truyền cùa đồng bào các dân tộc thiểu số tồn tại song song với tổ chức chính quyền do nhà nước Trung ương xếp đặt.
Các chúa đất (hay còn gọi là thổ ty khi được triều đình phong kiến trao cho chức quan thì gọi là thổ quan) là người nắm giữ quyền hành điều phối công việc theo các thể chế cũ trong phạm vi nhất định, được triều đình phong kiến trung ương công nhận là bồi thần và được phong chức tước tương ứng với lãnh thổ họ cai quản.