Sách sử “Đại Nam nhất thống chí chép tên con sông là sông Phú Lộc, sông ở phía bắc huyện Vĩnh Xương (nay là TP Nha Trang), phía nam huyện Phước Điền (nay là huyện Diên Khánh)... chảy theo hướng đông 10 dặm (hơn 4km) đến thôn Hồi Xuân, xã Xuân Lạc (nay thuộc TP Nha Trang) lại chia làm 2 nhánh.
Một nhánh sông chảy theo hướng đông bắc 12 dặm (hơn 5km) rồi đổ ra cửa biển Cù Huân Nhỏ (cửa Tiểu Cù Huân - Cửa Bé - thuộc phường Vĩnh Trường, TP Nha Trang).
Cửa sông Cái ở Nha Trang xưa ...
Một nhánh sông khác chảy theo hướng nam 11 dặm (gần 5km) đến thôn Ngọc Hội (phường Vĩnh Ngọc) lại chia làm 2 nhánh: Một nhánh chảy 2 dặm (850m) rồi đổ ra cửa biển Cù Huân Lớn (cửa Đại Cù Huân, thuộc phường Xương Huân); một nhánh chảy theo hướng nam đến huyện Vĩnh Xương hiệp với sông Ngư Trường chảy 19 dặm (hơn 8km) rồi đổ ra cửa biển Cù Huân Nhỏ”.
Sông Cái chảy về TP Nha Trang là một dòng sông có nhiều tên. Ở thượng nguồn huyện Khánh Vĩnh, sông mang tên sông Thác Ngựa; chảy qua vùng Phú Lộc huyện Diên Khánh, mang tên sông Phú Lộc; chảy qua vùng Nha Trang mang các tên: Sông Cái Nha Trang, sông Ngư Trường, sông Quán Trường.
Sông Cái chảy ra biển theo 2 cửa: Cửa Tiểu Cù Huân (Cửa Bé) và cửa Đại Cù Huân (Cửa Lớn). Sông Cái Nha Trang còn có tên gọi là sông Cù hay Cù Giang, là tên do Quách Tấn - tác giả “Xứ Trầm Hương” đặt.
Tuy có nhiều tên, nhưng khi nói về sông lớn, dài nhất trong tỉnh Khánh Hòa chỉ có một tên sông Cái Nha Trang phân biệt với sông Cái Ninh Hòa. Sông có chiều dài 84km với diện tích lưu vực khoảng 1.732km2.
Sông Cái từ huyện Diên Khánh chảy xuống khu vực xã Vĩnh Trung, là điểm bắt đầu vào TP. Nha Trang (trước kia là huyện Vĩnh Xương). Sông chảy đến thôn Xuân Lạc, xã Vĩnh Ngọc thì chia làm 2 nhánh:
Một nhánh chảy hướng đông nam, chảy vòng theo chân núi Hoàng Ngưu (núi Đồng Bò), theo sông Quán Trường chảy xuống Trường Đông thuộc phường Vĩnh Trường, chảy ra biển bằng cửa Tiểu Cù Huân, tức Cửa Bé.
Về sông Quán Trường là một hệ thống sông nhỏ có chiều dài khoảng 15km, chảy qua địa phận các xã: Vĩnh Trung, Vĩnh Hiệp, Vĩnh Thái, Phước Đồng và 3 phường: Phước Long, Phước Hải, Vĩnh Trường rồi đổ ra Cửa Bé.
Sông chia thành 2 nhánh: Nhánh phía đông (nhánh chính) có chiều dài 9km và nhánh phía tây là sông Tắc, còn gọi là sông Đồng Bò, dài 6km.
Sông Tắc trước đây đã có một thời gian dài đã bị tắc nghẽn bởi các bãi bồi rộng lớn. Đây cũng là nguyên nhân khiến các tàu, thuyền đánh bắt thủy sản hoạt động trên sông gặp nhiều khó khăn do không thể ra vào, neo đậu và trao đổi hàng hóa.
Bên hữu ngạn sông Tắc là khu dân cư Hòn Rớ, cảng cá và chợ thủy sản Nam Trung Bộ; tả ngạn là khu Bình Tân thuộc phường Vĩnh Trường. Từ năm 2005, tỉnh đã đầu tư cho nạo vét. Vì thế, tuy gọi là sông Tắc nhưng hiện nay sông không còn tắc nghẽn nữa.
Một nhánh chảy xiên xiên theo hướng đông bắc, chảy đến thôn Ngọc Hội thuộc phường Ngọc Hiệp chia làm 2 chi: Một chi chảy vào Phường Củi, qua bến Trường Cá thuộc phường Phương Sài gọi là sông Ngư Trường, rồi chảy xuống Hà Ra.
Bến Trường Cá ngày nay là một đoạn nhỏ hẹp của con sông Kim Bồng; cũng là nơi phân ranh giữa 2 phường Ngọc Hiệp và Phương Sài nối nhau bởi chiếc cầu Hộ.
Ngày nay, bến Trường Cá nước cạn, không còn là bến nữa, nằm thu mình giữa khu dân cư đông đúc. Nhưng ngày trước, bến Trường Cá như một cái vịnh nhỏ, ăn sâu vào tận chân núi Trại Thủy chùa Hải Đức và núi Gành chùa Kim Sơn. Nước lênh láng như biển.
Vì vậy, tại bến Trường Cá thuyền buôn ra vào tấp nập, sinh hoạt trên bến bãi nhộn nhịp suốt ngày đêm. Bến từng là một giang cảng khá quan trọng của Nha Trang thời xưa.
Và cũng vì vậy nên chiến thuyền của nhà Tây Sơn và nhà Nguyễn có thể lên xuống Thành Diên Khánh khá dễ dàng. Tại bến Trường Cá này, từ năm 1793 đến năm 1795 đã diễn ra 3 trận thủy chiến đẫm máu giữa quân của Nguyễn Ánh với quân nhà Tây Sơn.
Nước sông Ngư Trường chảy xuống Hà Ra. Nơi đây, nước xoáy thành một đầm rộng cấu tạo thành đầm Xương Huân (tên chữ là Cù Đàm, sau này lấp đầm xây chợ Đầm).
Nước sông, một nửa chảy vào đầm, một nửa chảy xuống Xóm Cồn để ra biển bằng cửa Đại Cù Huân, tức cửa Lớn, hay cửa Nha Trang. Chi thứ hai rộng và sâu hơn, chảy xuống Xóm Bóng thuộc phường Vĩnh Thọ rồi ra biển cũng bằng Cửa Đại Cù Huân.
Hai chi giáp nhau trước khi ra cửa biển, cùng nhau ôm kín một cồn đất phù sa, tục gọi là Cồn Dê. Cửa sông rộng nhưng không sâu, lại có hòn Đá Chữ không thuận tiện cho việc giao thông.
Xưa kia, cửa sông Cái Nha Trang mở rất rộng. Giữa sông không có Cồn Dê, nên từ Ngọc Hội, sông chảy thẳng xuống biển, không phân lưu như hiện nay…