Điều kỳ lạ xảy ra trong phòng thí nghiệm Botswana nơi đầu tiên phát hiện siêu biến chủng Omicron

 

 Ngày mà Tiến sĩ Sikhulile Moyo gọi là "Ngày Omicron" bắt đầu giống như bất kỳ ngày bình thường nào đối với một nhà virus học giữa một đại dịch coronavirus toàn cầu.

Sáng thứ Sáu, ngày 19/11, Tiến sĩ Moyo -người đàn ông Zimbabwe 48 tuổi cầu nguyện như thường lệ với vợ và con của mình, nhặt một ít ngũ cốc và sau đó chạy đua để đánh bại giao thông ở thủ đô Gaborone của Botswana.

Trên đường lái xe đi làm, giám đốc phòng thí nghiệm vui vẻ đôi khi bật các bản ghi âm phúc âm của riêng mình, nhưng sáng hôm đó, ông đã nghe một mục sư người Ghana diễn thuyết truyền động lực.

Tại Phòng thí nghiệm tham chiếu HIV Botswana Harvard (BHHRL), Tiến sĩ Moyo và nhóm của ông đã kiểm tra các xét nghiệm PCR mà điều phối viên phòng thí nghiệm, Tiến sĩ Dorcas Maruapula đã làm qua đêm, tất cả đều được lấy từ các mẫu dương tính với Covid.

Theo thói quen hàng tuần của họ, các nhà nghiên cứu sau đó xử lý axit nucleic - các phân tử tạo nên vật chất di truyền của vi rút - được chiết xuất từ các mẫu bằng cách sử dụng bộ giải trình tự MinION có kích thước bằng lòng bàn tay. Thiết bị này tạo ra các chuỗi dữ liệu di truyền đầy đủ trong thời gian thực cho phép nhóm nghiên cứu tìm kiếm bất kỳ thay đổi tiến hóa nào trong virus khi nó được truyền đi.

Choga, 31 tuổi, một nhà thông tin sinh học đến từ Zimbabwe, luôn theo dõi máy tính khi MinION kết nối USB xuất ra các trình tự gen bên tách cà phê quen thuộc của anh ấy.

Nhưng sau ngày hôm đó, khi cả đội chuẩn bị về nhà, một điều kỳ lạ đã xảy ra.

"Có bốn chuỗi hiển thị các mô hình rất kỳ lạ mà chúng tôi chưa từng thấy trước đây. Tôi cảm thấy rất nhiều cảm xúc trong tim mình", bác sĩ Moyo nói khi ông nhớ lại những cảm giác lo lắng dâng trào lúc đó.

Trên máy tính, mã di truyền của các mẫu không khớp với virus SARS-CoV-2 ban đầu đã được gắn cờ trên các hàng chữ cái nhiều màu.

Sự khác biệt lớn đến mức Tiến sĩ Moyo lo lắng rằng có một sự nhầm lẫn nào đó. Nhưng sau khi nhóm nghiên cứu kiểm tra chất lượng kỹ lưỡng, họ vẫn đưa ra kết quả tương tự.

Choga cho biết thêm: "Đó là điều khá đáng báo động đối với chúng tôi vì chúng tôi chưa bao giờ thấy một chủng loại nào như vậy ở Botswana. Nó đã bị đột biến nặng đến mức kinh khủng".

Dùng một khẩu AK-47 để giết một con kiến

Ít nhất 30 đột biến trên protein đột biến của virú, liên kết với các thụ thể trên tế bào vật chủ của con người và tổng cộng hơn 50 - nhiều hơn nhiều so với các biến thể khác cho đến nay - báo hiệu một phát hiện đáng lo ngại.

Tiến sĩ Moyo đã tham khảo ý kiến với cộng tác viên lâu năm của mình, Tiến sĩ Simani Gaseitsiwe, nhà khoa học cấp cao khác của phòng thí nghiệm, và sau khi "làm việc cả cuối tuần" để tham khảo chéo kết quả của họ với các biến thể đã biết khác, vào sáng thứ Hai, ông quyết định báo cáo trình tự bất thường cho Bộ Y tế Botswana.

Họ xác nhận rằng các mẫu xét nghiệm đến từ 4 công dân nước ngoài, đến thăm các nhà ngoại giao có kết quả xét nghiệm dương tính với COVID-19 vào ngày 11/11. Các quan chức chưa xác nhận nơi các nhà ngoại giao đi từ đâu, nói rằng họ muốn tránh nêu tên các quốc gia khác, nhưng tổng thống Botswana nói trong một cuộc phỏng vấn với CNN rằng ít nhất một số đã "đến châu Âu".

Ngay sau đó, Tiến sĩ Moyo đã tải dữ liệu di truyền mới lên GISAID, một cơ sở dữ liệu truy cập mở phổ biến mà các phòng thí nghiệm trên thế giới sử dụng để chia sẻ nhanh chóng trình tự bộ gen. Trong khi đó, các nhà khoa học làm việc song song ở Nam Phi và Hồng Kông cũng đang giải trình tự cho biến thể mới, sau đó được ký hiệu là B.1.1.529, và sau đó được đặt tên là "Omicron".

Với phát hiện này mà Nam Phi đã cảnh báo thế giới vào ngày 25/11 đã đặt ra một chuỗi các sự kiện làm chuyển động thị trường chứng khoán và chứng kiến một số chính phủ áp đặt các hạn chế đi lại sâu rộng đối với Nam Phi.

Các hạn chế đi lại - bị tổng thư ký Liên Hợp Quốc và Tổ chức Y tế Thế giới (WHO) lên án - đã ảnh hưởng trực tiếp đến nền kinh tế của Botswana và của các nước láng giềng Nam Phi, hầu hết đều mong đợi nhiều du khách trong kỳ nghỉ. Họ đã khiến Tiến sĩ Moyo và nhóm của ông bối rối và đau khổ.

Tiến sĩ Moyo nói: "Chúng tôi không nghĩ rằng các quốc gia - chính chúng tôi, Nam Phi và những quốc gia khác - sẽ bị trừng phạt vì đã chia sẻ dữ liệu của chúng tôi với thế giới một cách minh bạch".

Ông nói: "Phản hồi không thực sự tương xứng. "Nó giống như dùng AK-47 để giết một con kiến trước khi bạn hiểu nó. Tôi rất buồn vì phản xạ của cộng đồng thế giới, khi tôi xem tin tức, tôi gần như muốn tắt TV".

Các nhà quan sát cũng cho rằng khu vực vốn đang gặp khó khăn trong việc tiếp cận vắc xin, sẽ bị trừng phạt vì phát ra tiếng chuông báo động.

Các hạn chế thậm chí có thể khiến việc giám sát các biến thể mới khó khăn hơn.

"Chúng tôi sẽ bị ảnh hưởng ngay cả về mặt thuốc thử (các hợp chất được sử dụng để tạo điều kiện cho các phản ứng hóa học, bao gồm cả việc chuẩn bị mẫu để giải trình tự bộ gen) mà chúng tôi rất cần, vì hầu hết không được vận chuyển bằng các chuyến bay chở hàng mà thông qua các hãng hàng không bình thường", TS. Gaseitsiwe, một nhà virus học phân tử và là một nhà điều tra chính tại phòng thí nghiệm cho biết.

Làm việc suốt ngày đêm

Trong suốt trận đại dịch, Tiến sĩ Moyo và nhóm của ông đã làm việc suốt ngày đêm để thực hiện một phần lớn thử nghiệm PCR chẩn đoán của Botswana.

Và kể từ đầu năm 2021, họ đã giải trình tự bộ gen khoảng 2.300 mẫu virus SARS-CoV-2 dương tính.

Tiến sĩ Moyo nói rằng việc nhóm giám sát hàng tuần bộ gen nhất quán và giải trình tự có hệ thống các mẫu dương tính có nghĩa là mặc dù họ không có nguồn lực từ các trung tâm giải trình tự quốc tế hàng đầu, họ vẫn có thể nhanh chóng phát hiện ra các đột biến.

Theo Tiến sĩ Gaseitsiwe, trình tự bộ gen của Botswana đệ trình lên GISAID là một trong những tỷ lệ cao nhất ở khu vực châu Phi trên cơ sở bình quân đầu người, ngang bằng với quốc gia láng giềng có nguồn lực tốt là Nam Phi.

Tiến sĩ Moyo cho biết, một số đột biến của Omicron là "xác định dòng dõi", có nghĩa là chúng có thể được sử dụng để phát hiện biến thể ở bất cứ đâu.

Ông nói thêm rằng vẫn chưa rõ nguồn gốc của nó khi nào và như thế nào, mặc dù nó xuất hiện từ một biến thể coronavirus ban đầu chứ không phải là một biến thể gần đây hơn. Các nhà khoa học trên khắp thế giới đã và đang chạy đua để đánh giá mức độ lây truyền của Omicron và mức độ nghiêm trọng của căn bệnh mà nó gây ra, cũng như hiệu quả của các loại vắc xin hiện có chống lại nó.

"Đôi khi, khi một loại virus thay đổi như vậy, nó có thể khiến nó trở nên yếu hơn, nghĩa là nó có thể thực sự chết đi. Hoặc nó có thể mang lại cho nó một lợi thế về thể chất. Tiến sĩ Moyo giải thích bằng chứng sơ bộ cho thấy nó có khả năng lây truyền cao. Tính đến ngày 10/12, Omicron đã được phát hiện ở 63 quốc gia, ở tất cả các khu vực trên thế giới.

×