Theo Tổng cục Thuế, trong thời gian qua, song song với việc triển khai các ứng dụng thuế điện tử, ngành Thuế đã đẩy mạnh và triển khai ứng dụng hóa đơn điện tử. Đây là một trong những thông tin quản lý quan trọng cần phải được hệ thống hóa chuẩn mực, cập nhật với thông lệ quốc tế để phục vụ tốt hơn cho việc khai thác và sử dụng thông tin.
Trước kia, khi sử dụng hóa đơn giấy, một số người nộp thuế cố tình không tuân thủ quy định, đã có những hành vi vi phạm về hóa đơn, tuy nhiên phải qua thanh tra kiểm tra thuế thì hành vi vi phạm mới bị phát hiện và việc phát hiện vi phạm còn gặp nhiều khó khăn, thủ công.
Tuy nhiên, hiện nay, với nền tảng công nghệ thông tin hiện đại, hệ thống hóa đơn điện tử có thể lưu vết toàn bộ dữ liệu của người mua, người bán, dữ liệu hóa đơn điện tử cũng đã tích hợp với hệ thống các dữ liệu của cơ quan quản lý thuế nói riêng và cơ quan quản lý nhà nước khác nói chung.
Do vậy, các trường hợp người mua, người bán có các hành vi vi phạm về hóa đơn để kê khai khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào, giảm số thuế giá trị gia tăng phải nộp, tăng số thuế giá trị gia tăng được hoàn, hợp thức hóa cho hàng hóa mua trôi nổi, buôn lậu, lập khống chi phí phát sinh, làm giảm thu nhập chịu thuế dẫn đến giảm số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp… sẽ bị phát hiện nhanh chóng và xử lý kịp thời theo quy định.
Ngoài ra, từ khi ngành Thuế triển khai hệ thống hóa đơn điện tử đến nay, thông qua các quy trình nghiệp vụ quản lý thuế, cơ quan thuế có thể phân tích, đối chiếu, đánh giá đối với từng hóa đơn điện tử mà người nộp thuế gửi vào hệ thống dữ liệu hóa đơn điện tử, từ đó dễ dàng phát hiện việc sử dụng không hợp pháp hóa đơn cũng như sử dụng hóa đơn không hợp pháp.
Đặc biệt, ngành Thuế đã phối hợp với cơ quan Công An để phòng ngừa tội phạm mua, bán trái phép hóa đơn điện tử, phát hiện trường hợp đã thực hiện hành vi mua doanh nghiệp để phát hành hóa đơn, bán cho tổ chức, cá nhân có nhu cầu, gây thiệt hại Ngân sách Nhà nước.
Mới đây, tại văn bản số 5465/VPCP-KTTH ngày 20/7/2023 của Văn phòng Chính phủ truyền đạt ý kiến của Phó Thủ tướng Lê Minh Khái về thông tin báo nêu về việc rà soát, xử lý hóa đơn, Phó Thủ tướng Lê Minh Khái yêu cầu:
"Bộ Tài chính giám sát việc phát hành và sử dụng hóa đơn chặt chẽ, đúng quy định, phát hiện và xử lý nghiêm các hành vi mua bán, sử dụng hóa đơn bất hợp pháp nhằm trốn thuế, chiếm đoạt tiền hoàn thuế từ Ngân sách Nhà nước.
Bộ Tài chính theo thẩm quyền, chức năng, nhiệm vụ được giao quản lý, giám sát việc phát hành và sử dụng hóa đơn chặt chẽ, đúng quy định, phát hiện và xử lý nghiêm các hành vi mua bán, sử dụng hóa đơn bất hợp pháp nhằm trốn thuế, chiếm đoạt tiền hoàn thuế từ Ngân sách Nhà nước, cung cấp thông tin đầy đủ kịp thời, công khai, minh bạch cho các cơ quan báo chí, hạn chế thấp nhất tác động, ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất, kinh doanh".