Cả đời Tôn Trung Sơn đã qua 3 lần hôn nhân, để lại 1 con trai là Tôn Khoa và 2 con gái là Tôn Diễm và Tôn Uyển, đều là con chung với bà Lư Mộ Trinh (vợ đầu của ông). Tôn Khoa dưới vầng hào quang của cha từng giữ các chức vụ trong chính phủ Quốc dân: Viện trưởng Hành chính, Viện trưởng Lập pháp, và một thời còn đảm nhiệm chức Phó chủ tịch chính phủ Quốc dân.
Năm 1949, sau khi Tưởng Giới Thạch buộc phải tháo chạy ra Đài Loan, rất nhiều vị nguyên lão Quốc dân đảng bị Tưởng “treo giò”, từng nhiều lần “kèn thổi ngược” với Tưởng, nên Tôn Khoa càng bị “quên đi”!
Mãi tới tận năm 1965, bởi nhiều mối ràng buộc xưa cũ, ông già 75 tuổi Tôn Khoa mới kết thúc cuộc sống “ăn đậu ở nhờ” nhiều năm tại Âu, Mỹ, trở về Đài Loan giữ chức Cố vấn chính trị, Khảo thí viện trưởng (Viện trưởng Viện Thi cử), cho tới năm 1973 ốm mất tại Đài Loan, thọ 83 tuổi.
Tới thế hệ thứ 3 của Tôn gia, hào quang huy hoàng xưa nhạt nhòa dần. Tôn Khoa có 6 người con cả trai lẫn gái. Con trai cả là Tôn Trị Bình, con trai thứ là Tôn Trị Cường và 4 người con gái là Tôn Huệ Anh, Tôn Huệ Hoa, Tôn Huệ Phương và Tôn Huệ Phần. Tên 2 anh em trai đều do ông nội Tôn Trung Sơn đặt cho, ý là “Trị quốc chi đạo, tiên cầu bình an, tái cầu cường thịnh” – nghĩa là: Đạo trị nước, trước hết là mưu cầu hòa bình ổn định, rồi mới mưu cầu tới nước mạnh dân giàu.
Cả đời 2 anh em vẫn bình bình, chẳng có gì nổi trội trong sự nghiệp. Tôn Trị Bình sau khi theo cha quay về Đài Loan từng giữ chức Ủy viên Ủy ban bình xét (đại thể như Ban thi đua ở ta) TW Quốc dân đảng và Chủ tịch Hội đồng Quản trị Công ty Truyền hình Đài Loan. Còn Tôn Trị Cường suốt đời không có cơ hội đáng kể trên bước đường công danh. Năm 2001, 2005, Tôn Trị Cường và Tôn Trị Bình lần lượt ốm chết tại Mỹ.
Trong số 4 chị em gái thì người mà tên tuổi xuất hiện nhiều nhất trên các phương tiện thông tin đại chúng là Tôn Huệ Phương. Bà định cư tại Hawaii, hiện nay là Chủ tịch Quỹ Giáo dục hòa bình Tôn Trung Sơn, Hội trưởng Hội Từ thiện Phụ nữ Trung Quốc Hawaii..., chồng bà là Vương Thủ Cơ, con trai của đại gia giàu có hàng đầu Hồng Công một thời Vương Thời Tân.
Tôn Huệ Phương là người luôn khâm phục vô bờ đối với đức độ và sự nghiệp của ông nội. Để người đời càng hiểu nhiều hơn, sâu sắc hơn về Tôn Trung Sơn, bà không quản gian khổ, đi khắp trên thế giới tổ chức tới hơn 600 buổi diễn thuyết, bỏ ra gần 10 năm hoàn thành cuốn “Ông nội tôi: Tôn Trung Sơn tiên sinh”.
Cô út Tôn Huệ Phần cũng xứng danh một người đàn bà mạnh mẽ. Bà lớn lên tại Thượng Hải, thời còn thơ ấu thường bị bắt cóc, năm 17 tuổi trở thành nữ tiếp viên hàng không trẻ nhất của Hãng Hàng không dân dụng Đài Loan, sau sang Mỹ du học.
Năm 1986, giữ chức Lãnh sự Thường vụ Tổng Lãnh sự quán Mỹ tại Quảng Châu, sau điều chuyển làm Lãnh sự Thường vụ Tổng lãnh sự quán Mỹ tại Thượng Hải, được tôn vinh là “Trung Mỹ mậu dịch tích Hồng nương” (Người đàn bà Đỏ trong quan hệ buôn bán giữa Trung Quốc và Mỹ).
Sau khi nghỉ hưu, bà khai trương tại Hồng Công một công ty tư vấn, tiếp tục bắc cầu dẫn mối cho các công ty phương Tây đầu tư vào Trung Quốc đại lục. Thế hệ thứ tư của Tôn gia, con trai của Tôn Trị Bình là Tôn Quốc Hùng năm 2005 từng được mời giữ chức Cố vấn Quốc sách cho người đứng đầu chính quyền Đài Loan khi đó là ông Trần Thủy Biển, trở thành người duy nhất trong đó có huyết thống “Quý tộc màu xanh”.
Hiện nay, Tôn Huệ Anh, Tôn Huệ Hoa và những người thuộc thế hệ thứ 5 của Tôn gia đa phần định cư tại bang California nước Mỹ.