Sự liên kết giữa các thành viên với HTX, giữa HTX với các thành phần kinh tế tập thể khác còn hạn chế là một trong những nguyên nhân khiến nhiều HTX hiện nay hoạt động chưa hiệu quả. Do đó nếu cứ thành lập HTX theo kiểu “cho có”, sẽ chẳng khác nào quay trở lại thời kỳ HTX kiểu cũ trước đây.

Để đổi mới sản xuất nông nghiệp, việc đẩy mạnh liên kết là một đòi hỏi tất yếu. Chính vì vậy, việc thành lập các hợp tác xã (HTX), liên hiệp HTX kiểu mới được coi là giải pháp trọng tâm gắn kết từng nông hộ nhỏ lẻ thành vùng sản xuất theo chuỗi, có sự tham gia của doanh nghiệp. Tuy nhiên, mục tiêu đến năm 2020 có 15.000 HTX, liên hiệp HTX hoạt động hiệu quả vẫn là chặng đường gian nan nếu những điểm nghẽn về cơ chế, chính sách và nguồn nhân lực không được giải quyết dứt điểm.