Là huyện nghèo vùng cao Sơn La, những năm qua, Phù Yên đã tích cực triển khai, thực hiện có hiệu quả Chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới; duy trì 5 xã đạt chuẩn. Bình quân chung của huyện Phù Yên đạt 13,5 tiêu chí/xã.