Một số nhà khoa học đã chỉ rõ, chủ mưu của vụ thảm án Lệ Chi Viên là Hoàng hậu Nguyễn Thị Anh, vốn rất căm oán Nguyễn Trãi và Nguyễn Thị Lộ (hai người đã giúp bà phi Ngô Thị Ngọc Dao thoát khỏi âm mưu sát hại của bà).