Ở trận bán kết lượt về AFF Cup 2016 giữa ĐT Việt Nam và ĐT Indonesia, Nguyên Mạnh đã nhận thẻ đỏ trực tiếp vì đánh nguội Bayu Pradana. Thế nhưng theo như chính tiết lộ từ tiền vệ này thì trước đó anh cũng đã đạp thủ thành của ĐT Việt Nam, khiến đối phương mất bình tĩnh…