Hệ thống công trình thủy lợi Cái Lớn - Cái Bé vận hành nhằm kiểm soát nguồn nước, bảo vệ vùng sản xuất lúa, cây ăn trái và thuỷ sản nhiều địa phương vùng ĐBSCL. Trong quá trình vận hành phải đảm bảo không làm thay đổi hệ sinh thái hiện tại, tránh làm nguồn nước ô nhiễm.