Hàng loạt công ty con thua lỗ, âm vốn điều lệ, ví như Công ty Vận tải Biển Đông âm vốn chủ sở hữu tới 4.000 tỷ đồng, lỗ trung bình mỗi năm 500 tỷ đồng, đã được Vinalines lên kế hoạch sẽ thoái hết vốn, chỉ giữ lại những doanh nghiệp hoạt động hiệu quả.