Cục Thuế thành phố Hà Nội và Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh từ ngày 15.11.2018 được tổ chức không quá 11 phòng thực hiện chức năng tham mưu, quản lý thuế và không quá 10 phòng Thanh tra - Kiểm tra.