Trong kết luận thanh tra về các dự án BT, BOT trong lĩnh vực giao thông, môi trường tại Bộ GTVT, Thanh tra Chính phủ (TTCP) chỉ rõ, dự án BOT Hòa Bình đã tăng phí sai nguyên tắc và cũng chính trong dự án này, một nhà đầu tư thuộc Bộ Quốc phòng không đủ năng lực tài chính.