TP.HCM có nguồn giống thủy sản đa dạng từ chơi kiểng đến thương phẩm nhờ có cả nguồn nước ngọt, lợ, mặn. Tuy nhiên, công tác lai tạo để khôi phục hoặc cho ra các giống mới đang gặp không ít khó khăn, nguồn lợi thu về chưa tương xứng.