Chủ thể quan trọng nhất của quá trình tái cơ cấu nông nghiệp là 12 triệu hộ nông dân Việt Nam, song không phải là các hộ riêng lẻ, yếu thế mà chủ yếu được liên kết lại trong các hợp tác xã (HTX).