Theo tính toán, mỗi năm PVN sẽ phải bù 1,5 - 2 tỷ USD cho lọc dầu Nghi Sơn trong 10 năm đầu vận hành để bù lỗ cho dự án này, chưa kể số kinh phí hỗ trợ trực tiếp cho nhà máy để đầu tư các hạng mục công trình.