Kết luận của Thanh tra Chính phủ nêu, mặc dù, điều kiện về năng lực, hồ sơ của Công ty Thái Sơn Bộ Quốc phòng chưa đáp ứng yêu cầu và không đúng quy định nhưng vẫn được tổ chuyên gia đấu thầu, Ban quản lý dự án 7 trình Bộ GTVT phê duyệt quyết định chỉ định nhà đầu tư. Điều này khiến dư luận đặt ra nghi vấn: Trách nhiệm của Bộ GTVT ở đâu khi liên tiếp xảy ra sai phạm?