Năm 2016, Thanh tra Chính phủ sẽ thanh tra về trách nhiệm trong việc tự chủ, tự chịu trách nhiệm về bộ máy, quản lý tài chính và thực hiện các dự án giai đoạn 2013-2015 của ĐHQG Hà Nội. Bên cạnh đó, kế hoạch dự phòng cũng sẽ tiến hành thanh tra tương tự đối với ĐH QG TPHCM