Trong quá trình thanh, kiểm tra, cơ quan chức năng tỉnh Thanh Hóa chưa phát hiện được bà Trần Vũ Quỳnh Anh có hành vi tham nhũng. Tuy nhiên, trong công tác bổ nhiệm bà Quỳnh Anh, đoàn thanh tra phát hiện nhiều vi phạm của các đơn vị, tổ chức liên quan.