Kiểm toán Nhà nước phát hiện trong suốt 2 năm, hệ thống công nghệ thông tin của Tổng cục Hải quan không cảnh báo, tiến hành cưỡng chế tự động với các tờ khai của doanh nghiệp có nợ vượt quá 90 ngày. Không những vậy, nhiều doanh nghiệp còn lợi dụng cơ chế cho phép mở nhiều tơ khai hải quan để được phân luồng xanh.