Mặc dù đã nỗ lực rất nhiều để giải quyết vấn đề môi trường nông thôn, nhưng Chương trình nâng chất tiêu chí nông thôn mới (NTM) của TP.HCM còn phải giải quyết nhiều khó khăn, thách thức, nhất là tiêu chí môi trường.