Alan Turing dành phần sự nghiệp ngắn ngủi còn lại của mình để làm việc tại thành phố Manchester. Ông xuất bản cuốn "Hóa học Cơ sở hình thái", mô tả các khía cạnh của nghiên cứu về sự phát triển của hình thức và mô hình trong các sinh vật sống.

Các khái niệm sơ khai của Alan về máy Turing phổ quát trước đó trở thành ảnh hưởng cơ bản của dự án máy tính Manchester ngay từ khi khởi đầu. Tại Đại học Manchester, những đóng góp chính của ông trong sự phát triển của ngành khoa học máy tính chính là thiết kế một hệ thống sử dụng đầu vào - đầu ra bằng công nghệ của Trung tâm giải mã Bletchley Park cũng như hệ thống phần mềm của máy.

Vào ngày 4.9.1939, một ngày sau khi nước Anh tuyên bố chiến tranh với Đức, nhà toán học lúc này đang làm việc tại Trung tâm Giải mật mã Bletchly Park để đẩy nhanh kế hoạch giải mã hệ thống Enigma. Ông còn là chỉ huy của một nhóm giải mã mang tên gọi Hut 8.