Nổi tiếng với nhiều cảnh quan thiên nhiên tuyệt đẹp, mang đậm nét hoang sơ, Vườn Quốc gia Phja Oắc - Phja Đén còn lưu giữ nhiều loài động, thực vật quý hiếm có giá trị về nghiên cứu khoa học, bảo tồn nguồn gen và giáo dục môi trường. Nơi đây còn được coi như “lá phổi xanh”, là “nóc nhà” phía Tây của tỉnh Cao Bằng, có vai trò quan trọng trong việc điều hòa khí hậu, điều tiết nguồn nước, chống xói mòn đất đai.