VCCI đề nghị cân nhắc việc bổ sung chức năng điều tra cho cơ quan thuế bởi nếu cùng 1 cơ quan, cùng 1 bộ máy vừa thực hiện thu thuế, vừa thực hiện thanh tra rồi lại thực hiện hoạt động điều tra thuế có thể làm giảm tính khách quan của hoạt động điều tra tố tụng, giảm tính minh bạch của hoạt động quản lý thuế.