Theo lịch cũ, U23 Việt Nam sẽ gặp U23 Brunei – đối thủ được đánh giá yếu nhất bảng vào ngày 2.12. Sau đó sẽ được nghỉ 4 ngày mới gặp U23 Singapore (ngày 6.12), tiếp đến là Philippines (10.12), Lào (13.12) và trận cuối vòng bảng gặp đương kim vô địch U23 Malaysia (15.12).

Nhưng theo lịch thi đấu được BTC công bố ngay sau khi có tin U23 Philippines bỏ cuộc, thì U23 Việt Nam sẽ liên tiếp gặp hai đối thủ cạnh tranh trực tiếp cho những chiếc vé lọt vào bán kết là U23 Malaysia (4.12), U23 Singapore (6.12). Sau đó mới gặp U23 Lào (8.12), U23 Brunei (12.12).

Trước những bất cập nói trên, VFF đã có văn bản yêu cầu AFF xem xét lại lịch thi đấu môn bóng đá nam SEA Games 2013. Và sáng 9.11, tại Campuchia, Ban thi đấu AFF đã họp bàn về vấn đề này. Tại cuộc họp, ông Trần Quốc Tuấn - Ủy viên Ban thi đấu AFF đã đề nghị Ban nghiên cứu và sắp xếp mã đội theo đúng mã trận đã được bốc thăm. Bên cạnh đó, đại diện các Liên đoàn bóng đá quốc gia trong khu vực cũng đề nghị điều chỉnh lại thời gian.

Cuối cùng, lịch thi đấu môn bóng đá nam đã được chốt lại. Cụ thể, môn bóng đá nam sẽ chính thức khởi tranh ngày 7.12 với các cặp đấu ở bảng B. Sau đó, ngày 8.12, các cặp đấu ở bảng A sẽ diễn ra và trong trận ra quân, U23 Việt Nam sẽ gặp U23 Brunei. Tiếp theo, U23 Việt Nam gặp U23 Singapore (10.12), U23 Lào (15.12), U23 Malaysia (17.12).

Vòng bảng môn bóng đá nam sẽ khép lại ngày 17.12. Các trận bán kết diễn ra ngày 19.12. Ngày 21.12 sẽ diễn ra trận tranh HCĐ và trận chung kết.