Từ khi có thông tin chuẩn bị thành lập đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt, tình trạng vi phạm trong sử dụng đất đai trên phạm vi các khu vực dự kiến thành lập đặc khu như Vân Đồn, Bắc Vân Phong, Phú Quốc có diễn biến phức tạp. Nhất là tại Phú Quốc, tỉnh Kiên Giang có tình trạng chuyển mục đích sử dụng đất nông nghiệp trái phép sang đất phi nông nghiệp, lấn chiếm đất đai.