Hơn 7.100 ha mặt nước xung quanh Lý Sơn đã được quy hoạch Khu bảo tồn biển, bề mặt đảo lại quá chật hẹp để có thể làm một bãi chứa, chi phí vận chuyển vào đất liền quá lớn... Vì vậy hàng chục ngàn m3 chất thải xây dựng của những công trình dân sinh, quốc phòng đang thi công trên đảo chưa biết xử lý thế nào.